结论：租农村院子办理营业执照本身不违法，但需满足特定条件并履行合法程序；若未满足条件或程序违法，则可能构成违规行为。

1. 合法性前提：符合土地用途与规划要求

根据《土地管理法》及《城乡规划法》，农村土地用途分为农用地、建设用地和未利用地。若租赁的院子属于建设用地（如宅基地、集体建设用地），且符合当地乡村规划，则可用于商业经营并办理营业执照。
关键点：

• 需确认土地性质（可通过当地国土部门查询）；
  
• 若土地为农用地（如耕地），需依法办理农用地转用审批手续，否则擅自改变用途属于违法。

2. 程序合法性：租赁合同与产权证明

• 租赁合同：需签订书面租赁合同，明确约定土地用途为“商业经营”，并经村委会或集体经济组织同意（部分地区要求备案）。
  
• 产权证明：需提供宅基地使用权证、集体建设用地使用权证等合法权属证明。若院子无产权证，可能需通过“乡村建设规划许可证”等替代文件证明合法性。
  风险点：若租赁合同未约定用途或产权存在争议，可能导致营业执照被撤销或面临行政处罚。

3. 经营行业限制：部分行业需额外审批

即使土地和程序合法，部分行业仍需额外许可：

• 餐饮、住宿：需办理《食品经营许可证》《公共场所卫生许可证》等；
  
• 危险品经营：需通过安全评估并取得专项许可；
  
• 环保要求：若经营可能污染环境（如养殖、加工），需符合环保标准并取得环评批复。
  提示：建议提前咨询当地市场监管部门，确认行业准入条件。

4. 违法后果：行政处罚与合同风险

若未满足上述条件，可能面临：

• 行政处罚：由自然资源部门责令限期改正、罚款，甚至拆除违法建筑；
  
• 合同无效：若租赁合同违反法律强制性规定（如农用地用于非农建设），可能被认定无效，导致经济损失；
  
• 营业执照撤销：市场监管部门发现经营场所不合规后，可吊销营业执照。

5. 实务建议：如何合法操作？

1. 核查土地性质：向村委会或国土部门确认院子是否为建设用地；
   
2. 完善租赁手续：签订书面合同并明确用途，必要时办理备案；
   
3. 申请规划许可：若需改建或扩建，提前申请《乡村建设规划许可证》；
   
4. 咨询行业许可：根据经营内容向市场监管、环保等部门确认所需证件；
   
5. 保留证据：保存土地权属证明、租赁合同、审批文件等，以备查验。

总结：租农村院子办营业执照需以“土地合法、程序合规、行业许可”为前提。建议操作前委托律师或当地代理机构协助核查条件，避免法律风险。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。