结论：保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于改装行为是否合法、是否履行了告知义务以及事故责任划分。以下是具体分析：
改装电动车的合法性及保险责任
若两轮电动车经改装后超出国家强制标准（如时速、电机功率等），可能被认定为“机动车”。此时需满足：
- 是否投保交强险：若未投保，保险公司通常不承担交强险范围内的赔偿责任；
- 商业险条款：若投保商业险，需审查保险合同中是否将“非法改装”列为免责条款。若条款明确约定改装导致风险增加的，保险公司可能拒赔。
例外情形：若改装未改变车辆属性（如外观装饰），且事故与改装无直接因果关系，保险公司仍需赔付。
改装小轿车的合法性及保险责任
小轿车改装需符合《道路交通安全法》规定（如不得改变动力系统、车身结构等）。若改装合法且已向保险公司履行告知义务（如变更车辆信息）：
- 交强险：无论改装与否，保险公司需在限额内赔付第三方损失；
- 商业险：若改装未增加风险（如更换同规格轮胎），保险公司通常需赔付；若改装导致风险显著增加（如刷ECU提升动力），且未告知保险公司的，保险公司可能拒赔。
关键点：保险公司需证明改装与事故存在因果关系（如改装刹车系统导致制动失效）。
事故责任划分的影响
即使车辆存在改装行为，保险公司仍需根据交警出具的《事故责任认定书》确定赔付比例。例如：
- 若电动车追尾系因未保持安全距离，即使双方均存在改装，电动车方可能承担主要责任；
- 若小轿车改装尾灯导致后方车辆无法及时避让，小轿车方可能承担部分责任。
建议行动步骤：
- 立即报警并保留现场证据（如照片、视频）；
- 联系保险公司报案，说明车辆改装情况；
- 若保险公司拒赔，可要求其出具书面拒赔通知，并核对保险合同条款；
- 协商无果的，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。
温馨提示：改装车辆需谨慎，建议提前咨询保险公司是否影响理赔，并确保改装符合法律规定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。