存款赠与协议中小写金额的书写格式，法律上并没有强制要求每隔3位写逗号。不过，从合同书写的规范性和避免歧义的角度出发，我建议可以按照以下方式处理：

1. 格式规范：

   • 在书写存款赠与协议时，为了确保金额的清晰易读，减少因数字书写不规范而可能产生的纠纷，可以参照财务或银行领域的常见做法，在小写金额中每隔3位使用逗号进行分隔。例如，将“1000000”写作“1,000,000”。

2. 法律要求：

   • 法律并未明确规定小写金额必须每隔3位写逗号。合同的有效性主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、合同条款是否明确等要素，而非金额的书写格式。
   • 但为了确保合同的严谨性和避免潜在的争议，建议在合同中同时注明大写和小写金额，并确保两者一致。大写金额因其不易被篡改的特性，通常被视为更可靠的金额表示方式。

3. 实践建议：

   • 在实际起草存款赠与协议时，除了注意金额的书写格式外，还应确保合同的其他条款也清晰明确，包括赠与双方的身份信息、赠与财产的具体描述、赠与的条件和方式、违约责任等。
   • 如果对合同条款或金额的书写格式存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构，以确保合同的合法性和有效性。

总结来说，虽然法律没有强制要求存款赠与协议中小写金额必须每隔3位写逗号，但为了合同的规范性和避免歧义，建议采用这种格式。同时，务必确保合同中的大写和小写金额一致，并咨询专业律师以获取更全面的法律建议。如果你有任何关于合同纠纷的具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。