结论：在摩托车闯红灯但现场相貌看不清的情况下，是否能用他人车辆进行处罚和扣分，这主要取决于能否准确认定实际驾驶人。若无法认定，则通常不能随意用他人车辆进行处罚和扣分；若能通过其他证据认定实际驾驶人，则会对实际驾驶人进行处罚和扣分。
分析说明：
交通违章处罚的基本原则：
- 交通违章处罚是针对实际违反交通规则的行为人进行的。在摩托车闯红灯的情况下，处罚应当针对实际驾驶该摩托车并违反交通信号灯指示的驾驶人。
相貌看不清对处罚的影响：
- 如果现场相貌看不清，但交通管理部门能够通过其他证据（如监控录像、证人证言、车辆行驶轨迹等）准确认定实际驾驶人，那么仍然会对实际驾驶人进行处罚和扣分。
- 如果无法通过任何证据准确认定实际驾驶人，那么交通管理部门通常不能随意用他人车辆进行处罚和扣分，因为这违反了处罚的公正性和准确性原则。
他人车辆能否被处罚：
- 在无法认定实际驾驶人的情况下，交通管理部门不能仅凭车辆信息就对车辆所有人或管理人进行处罚。车辆本身并不具有违法性，违法的是驾驶车辆的行为人。
- 如果交通管理部门错误地将处罚施加于车辆所有人或管理人，而该所有人或管理人并非实际驾驶人，那么该所有人或管理人有权提出异议并申请行政复议或提起行政诉讼。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如车辆被盗用、被套牌等，如果车辆所有人或管理人能够提供充分证据证明自己并非实际驾驶人，且对违章行为不知情，那么通常可以免除处罚。
后续行动建议：
- 如果您或他人遇到了类似情况，建议首先收集并保留所有可能的证据，如监控录像、证人证言等，以证明自己并非实际驾驶人。
- 如果交通管理部门已经对您或他人进行了处罚，而您或他人认为处罚不当，可以及时提出异议并申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通违章处罚应当针对实际违反交通规则的行为人进行，且处罚应当公正、准确。
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