公司员工伪造法院公章进行诈骗，且诈骗金额达到一百多万，这一行为将同时涉及刑事犯罪中的诈骗罪和伪造国家机关公文、印章罪，具体判决需根据案件具体情况综合判定，但通常会面临较为严厉的刑事处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、涉及罪名及法律后果
诈骗罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 在本案例中，诈骗金额达到一百多万，通常会被认定为“数额特别巨大”，因此可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产的处罚。
伪造国家机关公文、印章罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 员工伪造法院公章，属于伪造国家机关印章的行为，如果情节严重，将面临三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金的处罚。
二、量刑情节及综合考量
数罪并罚：
- 由于员工的行为同时构成诈骗罪和伪造国家机关公文、印章罪，根据《中华人民共和国刑法》第六十九条的规定，将实行数罪并罚。即，法院会分别根据两个罪名的量刑标准进行判决，然后将两个判决合并执行，但总刑期不会超过法定最高刑期。
量刑情节：
- 在量刑时，法院会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度、悔罪表现等因素。例如，如果员工在案发后能够主动投案自首、积极退赃退赔、取得被害人谅解等，可能会在一定程度上减轻处罚。
三、实际判决的多样性
具体案情的影响：
- 实际判决会受到具体案情的影响。例如，诈骗的手段、目的、持续时间、对被害人的影响等都会成为法院量刑时考虑的因素。
司法实践中的差异：
- 不同地区的司法实践可能存在差异。例如，某些地区可能对诈骗罪的量刑标准更为严格，而另一些地区则可能更注重对被告人的教育改造和悔罪表现。
四、建议与提醒
及时报案：
- 如果公司发现员工有伪造法院公章进行诈骗的行为，应立即向公安机关报案，以便及时追回损失并维护公司的合法权益。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。例如，可以加强对员工的教育培训，提高员工的法律意识和道德水平；同时，也可以加强对公司印章、文件等的管理和监督，确保公司的资产和信息安全。
咨询专业律师：
- 在处理此类案件时，公司应咨询专业律师的意见和建议，以便更好地维护公司的合法权益并应对可能的法律风险。不过，你遇到相关法律问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出专业的法律意见。
综上所述，公司员工伪造法院公章进行诈骗且金额达到一百多万的行为将面临严厉的刑事处罚。在处理此类案件时，应综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的认罪态度等因素进行量刑。