结论：网贷逾期两三年后，是否还会从卡里扣钱，这主要取决于贷款合同中的相关条款以及贷款机构的具体操作方式。以下从多个角度进行详细分析：
合同条款的约定：
- 在签订网贷合同时，通常会包含关于还款方式、逾期处理以及自动扣款等条款。如果合同中明确规定了逾期后贷款机构有权从借款人指定的银行账户中自动扣款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么即使逾期两三年，贷款机构仍有可能根据合同约定进行扣款。
- 法律建议：借款人应仔细阅读贷款合同，特别是关于逾期还款和自动扣款的条款，以了解自己的权利和义务。
贷款机构的操作方式：
- 不同的贷款机构在处理逾期贷款时可能有不同的操作方式。一些机构可能会在逾期后立即采取自动扣款措施，而另一些机构则可能会选择通过法律途径追讨欠款，如起诉至法院要求还款。
- 实际情况分析：即使合同中有自动扣款的条款，贷款机构也可能因为各种原因（如系统故障、账户信息变更等）未能及时扣款。此外，如果借款人已经更换了银行账户或取消了与贷款机构的自动扣款协议，那么贷款机构将无法从原账户中扣款。
法律程序的介入：
- 如果贷款机构选择通过法律途径追讨欠款，那么借款人可能会面临法院的判决和执行。在法院判决生效后，如果借款人仍未履行还款义务，法院可能会采取强制执行措施，如冻结银行账户、划拨存款等。
- 法律后果：在这种情况下，即使逾期时间较长，借款人的银行账户仍可能被扣款以偿还欠款。此外，借款人还可能面临信用记录受损、被列入失信被执行人名单等法律后果。
特殊情况的处理：
- 如果借款人认为贷款机构的扣款行为存在违法或不当之处（如未经同意擅自扣款、扣款金额错误等），可以向贷款机构提出异议并要求解决。如果贷款机构不予理会或处理不当，借款人可以向相关监管部门投诉或寻求法律援助。
- 法律建议：在处理此类纠纷时，借款人应保留好相关证据（如贷款合同、扣款记录、异议提出记录等），以便在需要时维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：
网贷逾期两三年后是否还会从卡里扣钱，取决于多种因素的综合作用。借款人应仔细阅读贷款合同，了解自己的权利和义务；同时，也应关注贷款机构的操作方式和法律程序的介入情况。如果面临扣款纠纷或法律后果，借款人应及时寻求法律援助或向相关监管部门投诉以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。