结论：开车已经越过停车线，发现是红灯后停住了，一般不算闯红灯，但可能构成越线停车，具体需根据车辆越线后的实际情况来判断。

闯红灯的判定标准

要认定一辆车是否闯红灯，必须有三张照片作为确凿证据，它们分别记录车辆驶过停止线、到达路中间以及到达对面路口的瞬间。这三张照片缺一不可，否则不能构成闯红灯的认定条件。

越线停车与闯红灯的具体分析

1. 及时停车：

   • 当红灯亮起时，如果车辆不慎刚刚越过停止线（仅是车头部分越线，车身未完全通过），但只要驾驶员立即停车，不再继续前行，交管部门一般不会将其认定为闯红灯。
   • 然而，这种行为可能被视为“越线停车”。根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，机动车在遇停止信号时，应停在停止线以外或路口以外。违反此规定者，可能会受到罚款（具体金额根据地区法规，通常约为100元）和记2分的处罚。

2. 继续行驶：

   • 如果车辆在越过停止线后没有停车，而是继续行驶并通过了整个路口，且满足了闯红灯认定的三张照片要求，那么该行为将被明确认定为闯红灯。
   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，将一次记6分，并处以罚款（通常为200元）。

特殊情况处理

1. 避让特种车辆：

   • 为避让紧急执行任务的特种车辆（如警车、消防车、救护车等）而不得已压线停车，在能提供相关证据证明的前提下，可能会免于处罚。

2. 交通信号故障或交警指挥冲突：

   • 若因交通信号灯故障或交警指挥与信号灯指示不一致导致越线停车，通常不会被认定为违规行为，责任不在驾驶人。但应确保自身安全，尽量遵循交警指挥。

建议与注意事项

• 提前减速慢行：驾驶员在接近红灯路口时应提前减速，注意观察交通信号灯和路况，避免因为疏忽或其他原因而越过停止线。
• 立即停车：如果不慎越过停止线，应立即停车并保持静止状态，避免被认定为闯红灯或越线停车。
• 了解并遵守交通规则：驾驶员应熟悉并遵守交通规则，特别是注意红绿灯的变化，以确保行车安全。

综上所述，开车已经越过停车线后发现是红灯并停住，一般不算闯红灯，但可能构成越线停车。为了避免不必要的处罚和安全隐患，驾驶员应严格遵守交通规则，确保行车安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。