合同纠纷调解时，双方是可以协商分期履行的，但具体能否分期以及分期的条件，需根据双方协商结果和调解协议的内容来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、调解的基本原则与灵活性
调解作为一种非诉讼的纠纷解决方式，其核心在于双方自愿、平等协商，以达成互谅互让的解决方案。因此，在调解过程中，双方有权根据自身的实际情况和需求，提出分期履行的要求。只要双方能够达成一致意见，并在调解协议中明确约定分期的具体方式、期限、金额等关键条款，分期履行就是可行的。
二、分期履行的法律基础
虽然《民法典》等法律法规并未直接规定调解协议中必须允许分期履行，但根据《民法典》中关于合同履行和债务清偿的一般原则，以及调解的自愿性和灵活性特点，可以推断出：在调解过程中，双方有权根据实际情况协商分期履行。此外，如果调解协议涉及金钱给付义务，且双方同意分期履行，那么该协议在法律上也是具有约束力的。一旦一方不按照调解协议约定的分期方式履行义务，另一方有权依据调解协议向法院申请强制执行。
三、分期履行的实际操作与注意事项
明确分期条款：在调解协议中，必须明确约定分期的具体方式、期限、金额等关键条款。例如，可以约定“被告应于调解协议生效之日起三个月内支付原告第一期款项XX元，剩余款项XX元于六个月内付清”等。
考虑违约责任：为了确保分期履行的顺利进行，双方可以在调解协议中约定违约责任。例如，如果一方未按照约定时间支付款项，应支付一定比例的违约金或承担其他法律责任。
保留相关证据：在分期履行过程中，双方应妥善保留与履行相关的证据，如转账记录、收据等。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
及时沟通协商：如果在分期履行过程中出现任何问题或困难，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。避免因为沟通不畅或处理不当而导致纠纷升级。
四、特殊情况下的分期履行
在某些特殊情况下，如被告确实存在经济困难且无法一次性履行全部义务时，法院或调解机构可能会根据实际情况建议或促成双方达成分期履行的协议。这种情况下，分期履行不仅有助于缓解被告的经济压力，也有助于促进纠纷的妥善解决。
总结与建议：合同纠纷调解时，双方是可以协商分期履行的。但为了确保分期履行的顺利进行和双方的合法权益得到保障，建议在调解协议中明确约定分期的具体条款和违约责任等关键内容。如果你在合同纠纷调解过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。