结论：民事案件已经判决后，若发现存在犯罪事实，依然可以启动刑事案件程序。民事诉讼与刑事诉讼在法律上是独立的两个程序，可并行不悖地进行。
一、民事与刑事诉讼的独立性与并行性
民事诉讼与刑事诉讼是基于不同的法律关系和法律规定独立进行的。民事诉讼主要处理平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等，旨在通过法律手段保护当事人的合法权益，恢复受损的民事关系。而刑事诉讼则用于追究犯罪嫌疑人的刑事责任，确保法律的严肃性和公正性，涉及的是国家与犯罪嫌疑人之间的法律关系，旨在维护社会秩序和公共安全。
两者在适用法律、证明标准、责任形式等方面存在差异，但并不意味着它们不能并行。一个行为可能同时符合民事侵权或违约的构成要件，也可能触犯刑法构成犯罪。因此，民事案件的判决并不影响对其中可能涉及的刑事犯罪进行追究。
二、可以启动刑事程序的常见情形
诈骗罪：在民间借贷纠纷等民事案件中，如果发现借款人在借款时就具有非法占有目的，通过虚构事实、隐瞒真相的方式骗取他人财物，且达到诈骗罪的立案标准，那么即使民事判决已经作出，也可以按照刑事案件来处理。例如，借款人虚构项目或用途，骗取贷款后挥霍一空，无力偿还，这种情况下就可能构成诈骗罪。
拒不执行判决、裁定罪：民事判决生效后，如果负有执行义务的当事人有能力执行而拒不执行，情节严重的，可能会构成拒不执行判决、裁定罪。此时，司法机关将启动刑事追诉程序来追究其刑事责任。例如，被执行人隐藏、转移财产，或者采取其他手段逃避执行，导致判决无法执行，就可能构成此罪。
三、启动刑事程序的限制与原则
虽然民事与刑事程序可以并行，但在实际操作中仍需遵循一定的原则和限制：
一事不再理原则：为避免对同一行为进行重复评价，民事判决中已经对侵权行为作出了赔偿等处理的，在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分通常不能重复主张。这确保了当事人不会因同一行为受到过度的处罚。
证据和事实要求：启动刑事案件需要有充分的证据证明犯罪事实的存在。司法机关不会轻易基于仅仅的怀疑而启动刑事程序，而是需要确凿的证据来支持刑事追诉。因此，在民事已判决的案件中发现犯罪行为时，应及时收集并提交相关证据，以便公安机关立案侦查并启动刑事诉讼程序。
四、实际操作建议
及时报案：在民事已判决的案件中发现犯罪行为时，受害者或相关单位应及时向公安机关报案，并提供充分的证据证明犯罪行为的存在。
配合调查：报案后，应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持，以便公安机关能够尽快查明事实真相。
关注进展：在刑事诉讼过程中，应关注案件的进展情况，及时了解司法机关的处理意见和结果，以便采取相应的法律措施维护自己的合法权益。
综上所述，民事案件已经判决后，若发现存在犯罪事实，依然可以启动刑事案件程序。在实际操作中，应根据案件具体情况和证据情况，依法决定是否启动刑事诉讼程序。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。