结论：在签署协议时，如果不是本人签字而是由他人代签，确实应当加注代签人的名字，以确保协议的法律效力和避免潜在的纠纷。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律效力的角度：

   • 根据一般的法律原则，协议应当由具有相应民事行为能力的当事人本人签署，以确保其真实意思表示。如果由他人代签，且未经本人授权或追认，该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效或可撤销。
   • 加注代签人的名字，可以作为一种证据，证明该协议是在本人知情并同意的情况下，由他人代为签署的。这有助于增强协议的法律效力，减少因代签而引发的纠纷。

2. 避免纠纷的角度：

   • 在实际生活中，代签协议的情况时有发生。如果代签时未加注代签人的名字，一旦协议履行过程中出现问题，双方可能因代签事实产生争议，甚至诉诸法律。
   • 加注代签人的名字，可以明确代签的事实和责任，避免在协议履行过程中因代签问题而产生不必要的纠纷。

3. 实际操作的角度：

   • 在签署协议时，如果确实需要他人代签，应当确保代签人具有合法的代理权限，如经过本人的书面授权或口头授权（在特定情况下，口头授权也可能被认可，但书面授权更为稳妥）。
   • 代签人在签署协议时，应当在协议上明确标注“代签”字样，并签署自己的名字，以表明其代签的身份和责任。同时，最好还能附上本人的授权证明或相关证据，以进一步增强协议的法律效力。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果本人因特殊原因（如疾病、出差等）无法亲自签署协议，且无法及时找到合适的代签人，可以考虑通过电子签名、传真签署等方式进行签署。但这些方式也需要符合相关法律法规的规定，并确保签署过程的真实性和合法性。
   • 在某些特殊情况下，如本人已经丧失民事行为能力或死亡，其协议签署可能需要由其法定代理人或继承人进行。这种情况下，也需要在协议上明确标注代理或继承的事实和责任。

建议：为了避免因代签协议而引发的法律纠纷，建议在签署协议时尽量由本人亲自签署。如果确实需要他人代签，应当确保代签人具有合法的代理权限，并在协议上明确标注代签人的名字和代理事实。同时，还可以考虑附上相关的授权证明或证据，以进一步增强协议的法律效力。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。