结论：您需要按照法院判决履行支付4万元的义务，同时可关注开发商违建部分的后续处理及自身权益保障。以下从不同角度为您详细分析：

1. 关于法院判决的履行
   法院判决您承担4万元债务，具有法律强制力。您应当按照判决书指定的期限和方式履行支付义务（如通过银行转账、现金交付等），并保留好付款凭证（如转账记录、收据）。若未按时履行，对方可能申请强制执行，导致您的银行账户被冻结、财产被查封，甚至影响个人征信。若您对判决结果有异议（如认为不应承担责任或金额计算错误），需在法定期限内（通常为15日）提起上诉，否则判决生效后必须履行。

2. 开发商违建问题的处理
   开发商违建属于行政违法或合同违约行为，与您和开发商之间的债务纠纷是两个独立的法律关系。即使开发商存在违建，法院仍可能基于合同约定或过错比例判决您承担部分责任。但您可另案主张权利：

   • 行政投诉：向当地城管、规划部门举报开发商违建，要求行政处罚（如拆除、罚款）；
     
   • 民事索赔：若违建导致您实际损失（如房屋质量不合格、无法办理产权证），可起诉开发商要求赔偿；
     
   • 合同解除：若违建构成根本违约（如房屋无法交付或使用），可主张解除合同并要求返还已付款项。

3. 您的权益保障建议

   • 核对判决依据：仔细阅读判决书，确认法院认定您承担4万元的具体理由（如合同约定、过错比例等）。若认为判决依据不足，可咨询律师是否符合上诉条件；
     
   • 协商分期履行：若一次性支付困难，可与对方协商分期还款，并签订书面协议避免后续纠纷；
     
   • 关注违建处理结果：若开发商因违建被行政处罚或承担民事责任，可能影响其偿债能力，您可据此调整还款策略（如要求对方先处理违建问题再履行债务）。

提示：法律程序具有严格时效性，建议您尽快行动。若对判决履行、违建处理或权益保障有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您详细分析。