协议存款超过三年不注销是可以的，但需分情况讨论其法律后果及操作建议：

1. 协议未约定自动终止或续存条款
   若存款协议中未明确约定“存期届满后自动终止”或“未支取则转为活期”等条款，则存款关系不会因存期届满而自动消灭。此时，存款人可继续持有协议存款，银行仍需按原协议利率支付利息（但需注意部分银行可能对超期部分按活期利率计息，需以协议具体条款为准）。
   操作建议：

   • 立即查阅存款协议原文，重点核对“存期”“利率”“续存规则”等条款；
     
   • 若协议未约定超期处理方式，可要求银行按原利率继续履约，或协商调整利率后重新签订协议。

2. 协议约定存期届满后转为活期或其他处理方式
   若协议明确约定“存期届满后未支取则转为活期存款”，则超期部分将按活期利率计息，存款人仍可随时支取本金及利息。
   操作建议：

   • 确认活期利率是否符合预期（通常远低于定期利率）；
     
   • 若希望保持高利率，可在存期届满前与银行协商续存定期或转存其他产品。

3. 协议存在特殊条款（如自动续存、提前支取限制）
   部分协议可能约定“存期届满后自动续存相同期限”或“提前支取需支付违约金”，此时需按协议约定处理。
   操作建议：

   • 若协议自动续存，需确认续存利率是否与原协议一致；
     
   • 若提前支取受限，需评估资金需求与违约金成本，谨慎决策。

风险提示：

• 长期不注销可能导致资金流动性受限，若需紧急用钱可能面临提前支取损失利息的风险；
  
• 部分银行可能对超期存款收取管理费（需以协议或银行公告为准），需定期核对账户明细。
  

总结：协议存款超过三年是否注销，需根据协议具体条款决定。若协议未限制超期处理方式，可继续持有；若有限制条款，需按约定操作或与银行协商。建议定期梳理个人存款协议，避免因疏忽导致利益受损。如有具体协议条款需要解读，可直接向我提供内容，我会进一步分析。