医院在某些特定情况下确实需要申请特殊工时制度，这主要取决于医院的具体运营需求和岗位特性。以下是对这一问题的详细解答：
一、特殊工时制度的适用情况
特殊工时制度，包括不定时工作制和综合计算工时工作制，通常适用于那些因工作性质特殊，无法按照标准工时制度（即每日8小时，每周40小时）进行工作的岗位。在医院环境中，一些岗位如医生、护士、药剂员、驾驶员等，由于工作性质的特殊性，可能需要实行特殊工时制度。
二、申请特殊工时制度的依据
医院申请特殊工时制度的主要依据包括《中华人民共和国劳动法》第三十九条以及原劳动部发布的《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）等相关法律法规。这些法规明确了特殊工时制度的适用范围、审批程序以及实施要求。
三、申请特殊工时制度的流程
提交申请：医院需要向当地的人力资源和社会保障部门提交《实行特殊工时制度申请表》，详细说明申请实行特殊工时制度的岗位、人数、理由以及具体实施计划等。
审批过程：人力资源和社会保障部门会对医院的申请进行调查研究，评估其合理性和必要性。如果认为申请符合相关法律法规的要求，会出具批复文件，同意医院对特定岗位实行特殊工时制度。
实施与监管：医院在获得批复后，需要按照批复文件的要求制定具体实施办法，并严格实施。同时，人力资源和社会保障部门也会对医院的实施情况进行监管，确保职工的合法权益得到保障。
四、特殊工时制度的实施要求
保障职工权益：医院在实行特殊工时制度时，必须确保职工的身心健康和休息休假权利。这包括合理安排工作时间、提供必要的休息设施、确保职工有足够的休息时间等。
听取职工意见：医院在制定特殊工时制度实施办法时，应充分听取职工的意见和建议，确保制度的合理性和可行性。
公示与协商：医院需要将批复文件和《实行特殊工时制度申请表》向职工公示一定时间（如15个工作日），并及时与职工协商变更劳动合同的工作时间条款。
五、实例说明
以遂宁嘉慧妇儿医院有限公司高新区分公司和重庆普瑞眼科医院有限公司为例，这两家医院都曾向当地的人力资源和社会保障部门申请实行特殊工时制度，并获得了批复。批复文件中详细列出了实行特殊工时制度的岗位、人数以及实施要求等，为医院提供了明确的指导。
综上所述，医院在特定情况下确实需要申请特殊工时制度，但必须遵循相关法律法规的要求，确保职工的合法权益得到保障。如果您是医院的管理人员或职工，对特殊工时制度有进一步的疑问或需求，建议咨询当地的人力资源和社会保障部门或专业律师以获取更详细的解答。