在工程造价司法鉴定中，当出现负变更（即工程价款减少的情况）时，鉴定咨询费的计算通常需结合鉴定委托合同约定、行业惯例及公平合理原则综合确定。以下是具体分析：

1. 优先依据鉴定委托合同约定

• 若委托合同中明确约定了负变更情况下的费用计算方式（如按变更比例调整、固定费用或分段计费等），应直接按合同执行。
  
• 示例：合同约定“鉴定费按最终鉴定造价的1%收取”，则负变更后按减少后的造价计算费用；若约定“按工作量计费”，则需根据鉴定机构实际投入的人力、时间等调整费用。

2. 合同无约定时的处理原则

• 行业惯例参考：部分地区或行业协会可能对负变更费用有指导性意见（如按变更部分造价的一定比例收取或设置最低收费标准），可协商参照执行。
  
• 公平合理原则：若负变更系因一方过错导致（如设计缺陷、施工违约），可主张由过错方承担额外鉴定成本；若为正常变更，双方可按比例分摊费用或协商减免。
  
• 司法实践倾向：法院可能根据鉴定机构实际工作量、负变更对鉴定复杂度的影响等因素，酌情调整费用，避免鉴定机构因负变更获利或受损。

3. 特殊情形处理

• 负变更比例较大时：若负变更导致鉴定造价显著低于初步估算，可与鉴定机构协商按实际工作量重新核定费用，或主张按最低收费标准支付。
  
• 鉴定机构过错导致负变更：如因鉴定机构错误导致重复鉴定或负变更，可要求其承担相应费用或减免部分费用。

4. 建议操作步骤

1. 审查合同条款：确认是否有负变更费用约定；
   
2. 收集证据：整理负变更原因、鉴定机构工作量等材料；
   
3. 协商或诉讼：与对方协商费用分担，或通过法院/仲裁机构裁决；
   
4. 留存书面记录：所有沟通及费用调整均需书面确认，避免纠纷。

提示：具体案件中，负变更的成因、合同条款及地方规定均可能影响费用计算，建议结合实际情况综合判断。如有疑问，可进一步提供合同条款或案件细节，我会为您详细分析。