若取保候审保证金为1000元且最终不起诉，保证金会依法退还，同时可能涉及其他法律程序或后果，具体分情况说明如下：

1. 保证金退还的法律依据与流程
   根据《刑事诉讼法》第七十三条，犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间未违反规定，且案件最终撤销、不起诉或判决无罪的，保证金应当全额退还。退还流程通常为：公安机关作出不起诉决定后，通知银行退还保证金至嫌疑人指定账户，或由嫌疑人持解除取保候审通知书到银行领取。若因特殊原因（如银行系统问题）未及时退还，可向公安机关或其上级部门申请督促。

2. 不起诉的类型与后续影响

   • 法定不起诉（如证据不足、情节显著轻微）：案件彻底终结，无刑事责任，保证金退还后无其他法律后果。
     
   • 酌定不起诉（如犯罪情节轻微，可免予刑罚）：虽不起诉，但可能涉及行政处罚（如治安管理处罚）或纪律处分（如公务员、企事业单位人员）。此时保证金退还，但需关注是否需接受其他处罚。
     
   • 附条件不起诉（针对未成年人）：需在考察期内履行义务（如赔礼道歉、赔偿损失），期满后不起诉决定生效，保证金退还；若违反考察条件，可能撤销不起诉决定，重新起诉。

3. 可能涉及的例外情形

   • 违反取保候审规定：若在取保候审期间擅自离开居住地、干扰证人作证等，保证金可能被没收，且可能被逮捕、重新取保或监视居住。即使最终不起诉，已没收的保证金不予退还。
     
   • 保证金来源问题：若保证金系非法所得（如诈骗、贪污），可能被依法追缴，即使不起诉也不退还。
     
   • 国际司法协助案件：若案件涉及跨国犯罪或引渡，保证金退还可能受国际条约或双边协议影响，需具体分析。

4. 实务建议

   • 保留相关凭证：取保候审决定书、保证金收据、不起诉决定书等文件需妥善保管，作为退还保证金或主张权利的依据。
     
   • 关注案件进展：若公安机关未主动退还保证金，可主动联系承办民警或案件管理部门，了解退还进度及原因。
     
   • 咨询专业律师：若对不起诉决定或保证金退还有异议（如认为不应没收保证金），可申请复议或提起行政诉讼，此时需律师协助梳理证据、撰写法律文书。

总结：取保候审保证金1000元在不起诉情况下原则上应退还，但需结合不起诉类型、是否违反规定等具体情形判断。若遇退还延迟或争议，建议及时咨询律师，通过法律途径维护权益。