税务机关对一个厂房内两个公司进行税务检查是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

1. 法律依据角度
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十四条，税务机关有权进行税务检查的情形包括：检查纳税人的账簿、记账凭证、报表等资料；到纳税人的生产、经营场所和货物存放地检查应纳税的商品、货物等；责成纳税人提供与纳税有关的文件、证明材料等。因此，只要厂房内的两个公司均属于纳税主体，税务机关依法有权对其分别或共同开展检查，无需因“同一场所”而受限。

2. 检查对象独立性角度
   即使两个公司共用同一厂房，若它们是独立的法律主体（如分别注册为有限责任公司），税务机关需针对每个公司的纳税情况独立核查。例如：

• 若A公司租赁厂房部分区域，B公司租赁另一部分，税务机关可分别检查两者的租金支出是否足额代扣代缴房产税；
  
• 若两公司存在关联交易（如A公司向B公司销售货物），税务机关可核查交易价格是否公允，是否存在转移利润避税的情形。
  关键点：税务检查的合法性取决于公司是否独立纳税，而非物理场所是否重叠。

1. 程序合法性角度
   税务检查需遵循法定程序，包括：
   

• 出示税务检查证和《税务检查通知书》；
  
• 两人以上共同执法；
  
• 保守纳税人商业秘密；
  
• 不得违规查封、扣押财产等。
  若税务机关未履行上述程序，即使检查对象合法，纳税人也有权拒绝配合或后续申诉。

建议：

• 若两公司收到税务检查通知，应首先核对检查人员证件及文书是否齐全；
  
• 配合检查时，可要求税务机关明确检查范围（如仅查某公司账目）；
  
• 如认为检查行为违法（如超范围查封财产），可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

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