当补充协议与原协议发生冲突时，一般以补充协议为准，但这一原则并非绝对，需根据具体情况进行综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、一般原则：补充协议效力优先
补充协议的定义与性质：
- 补充协议是在原协议基础上，对原协议的某些条款进行修改、增加或解释而达成的新协议。它体现了双方当事人在原协议基础上的最新合意，具有与原协议相同的法律效力，并通常被视为原协议的一部分。
时间顺序与效力：
- 由于补充协议是在原协议之后签订的，且更能反映双方最新的意思表示，因此在冲突时，其效力通常优先于原协议。例如，在房屋租赁合同中，原租金为5000元/月，后通过补充协议调整为5500元/月，则应以补充协议中的5500元/月为准。
二、特殊情况：补充协议可能无效或效力受限
补充协议无效的情形：
- 如果补充协议违反了法律法规的强制性规定，如降低产品质量标准至违反国家相关强制性规定，则该部分无效。
- 若补充协议的订立存在欺诈、胁迫等情形，也可能导致整个补充协议或部分条款无效。
原协议特殊约定：
- 如果原协议中明确规定了“本协议内容不得通过补充协议进行变更”或类似条款，且这些条款合法有效，那么在补充协议与原协议发生冲突时，可能仍需以原协议为准。但此类约定的有效性可能会受到法律的严格审查，以确保其不违背公平原则和法律规定。
补充协议可撤销的情形：
- 如存在重大误解、显失公平等情况，一方当事人有权请求撤销补充协议。在撤销前，补充协议仍具有法律效力；一旦撤销，则自始无效，此时应以原协议为准。
三、综合考虑因素
签订时间与双方意图：
- 在判断补充协议与原协议的效力时，需考虑补充协议的签订时间以及双方当事人的真实意图。若补充协议是在双方充分协商并达成一致意见的基础上签订的，且签订时间晚于原协议，则其效力通常优先。
法律规定与司法实践：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后当事人可以协议补充相关内容。司法实践中也倾向于尊重双方当事人的最新合意，即补充协议的效力优先，但会考虑上述特殊情况的存在。
四、实际操作建议
仔细审查协议：
- 在签订补充协议前，应仔细审查原协议条款，确保补充协议的内容不与原协议中的强制性条款相冲突。
明确约定效力：
- 在补充协议中明确约定其效力优先于原协议的相应条款，以减少未来可能的争议。
遵守法律法规：
- 补充协议的订立应遵守法律法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
及时咨询律师：
- 若对补充协议与原协议的效力问题存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲向乙出售一批货物，价格为100万元。后因市场价格波动，双方又签订了一份补充协议，将价格调整为110万元。在此情况下，若补充协议合法有效，则应以补充协议中的110万元为准。但若补充协议是在乙胁迫甲的情况下签订的，则甲有权请求撤销补充协议，此时应以原合同中的100万元为准。
综上所述，当补充协议与原协议发生冲突时，虽一般以补充协议为准，但需综合考虑多种因素来判断具体效力。在实际操作中，应谨慎对待补充协议的订立和效力问题，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。