商品房被拍卖后，卖方应承担的税费是否在拍卖款中支付，需根据拍卖公告的约定以及相关法律法规来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、拍卖公告的约定
约定优先原则：
- 在司法拍卖中，拍卖公告通常会明确列出所有可能产生的税费及承担方。这是处理税费承担问题的首要依据。
- 如果拍卖公告中明确说明“卖方应承担的税费从拍卖款中支付”或类似表述，那么卖方应承担的税费确实会在拍卖款中支付。
常见约定情况：
- 税费各付：即买卖双方各自承担其应缴纳的税种。这种情况下，卖方应承担的税费不会从拍卖款中支付给买方，而是由卖方自行向税务机关缴纳。
- 税费全包：即买受人承担全部税费。这种情况下，虽然税费名义上由买受人承担，但买受人可能会在支付拍卖款时要求扣除卖方应承担的税费部分，或者通过其他方式与卖方协商解决。不过，这种做法并不改变法定纳税义务人的本质，买受人垫付后仍有权向卖方追偿。
- 部分税费由拍卖款支付：即拍卖公告中可能明确某些特定税费由拍卖款支付，而其他税费则由买卖双方各自承担。
二、相关法律法规的规定
法定纳税义务人原则：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，房屋产权转移过程中产生的税费，原则上应由法定的纳税义务人承担。在商品房拍卖的场景中，这通常意味着买卖双方各自承担其应缴纳的税种。
具体税费分担情况：
- 卖方应承担的税费：主要包括增值税及附加、个人所得税、土地增值税（如适用）等。这些税费通常根据房屋的性质、持有年限、成交价格等因素确定。
- 买方应承担的税费：主要是契税，以及可能的印花税、登记费等。契税的税率因地区而异，一般在3%~5%之间。
《最高人民法院关于人民法院网络司法拍卖若干问题的规定》：
- 该规定第三十条明确指出，因网络司法拍卖本身形成的税费，应当依照相关法律、行政法规的规定，由相应主体承担；没有规定或者规定不明的，人民法院可以根据法律原则和案件实际情况确定税费承担的相关主体、数额。这意味着，在法律法规没有明确规定或者规定不明的情况下，税费承担问题可以由人民法院根据实际情况进行裁决。
三、实际操作中的注意事项
仔细审查拍卖公告：
- 在参与拍卖前，务必仔细审查拍卖公告，了解税费承担的具体情况和其他相关条款。这是避免后续纠纷的关键步骤。
评估隐性成本：
- 除了拍卖成交价外，还需要考虑税费等隐性成本。特别是对于非住宅类房产或者持有年限较短的房产，税费成本可能较高，需要提前做好预算。
咨询专业人士：
- 对于复杂的税费问题，可以咨询专业的税务师或律师（当然，您也可以直接向我咨询），以获取更准确的解答和建议。这有助于您更好地理解税费承担问题，并做出合理的决策。
四、具体案例分析
假设某商品房拍卖公告中明确说明“卖方应承担的税费从拍卖款中支付”，且该商品房为卖方持有未满两年的普通住宅。那么，在拍卖成交后，卖方应承担的增值税及附加、个人所得税等税费将从拍卖款中扣除，并由买受人代为缴纳给税务机关。剩余拍卖款则支付给卖方。
总结与建议：
商品房被拍卖后，卖方应承担的税费是否在拍卖款中支付，需根据拍卖公告的约定以及相关法律法规来确定。在参与拍卖前，务必仔细审查拍卖公告，了解税费承担的具体情况。如有需要，可以咨询专业人士以获取更准确的解答和建议。如果您在房产拍卖过程中遇到任何税费承担问题或者其他法律问题，都可以直接向我咨询。