中医诊所制作水丸是否合法，这主要取决于诊所是否满足相关的法律法规要求。

首先，根据《中华人民共和国药品管理法》以及地方性的实施细则，如《浙江省医疗机构应用传统工艺配制中药制剂备案管理实施细则》等，中医诊所如果想要制作并使用传统中药制剂，包括水丸等剂型，必须满足一定的条件。这些条件通常包括：诊所必须持有有效的《医疗机构执业许可证》，且制剂的备案人应为该诊所；制剂的配方和制作工艺需要符合传统中药制剂的范围，并且不得包含市场上已有供应的品种、含有未经批准的活性成份的品种等不得备案的情形。

其次，诊所制作的水丸等传统中药制剂，必须仅限于在诊所内部使用，不得在市场上销售或者变相销售，也不得发布相关的制剂广告。这是为了保障药品的质量和安全，防止不合格或假冒伪劣的药品流入市场，对公众健康造成威胁。

然而，如果中医诊所未经许可，擅自制作并销售水丸等药品，或者制作的药品不符合相关法规要求，那么这种行为就是违法的。例如，有案例显示，有人未取得药品制售相关批准证明文件，却打着“祖传药方”“纯中药”的旗号，制作并销售所谓的“神药”，结果被市场监管部门查处，并因犯妨害药品管理罪被判刑。

因此，中医诊所制作水丸是否合法，关键在于诊所是否满足相关的法律法规要求，并严格按照规定进行备案和使用。如果诊所具备合法的资质，且制作的水丸符合传统中药制剂的范围和要求，那么这种行为就是合法的；反之，则是违法的，并可能面临法律制裁。所以，如果您是中医诊所的经营者或管理者，建议您在制作和使用水丸等传统中药制剂前，务必了解并遵守相关的法律法规要求，以确保诊所的合法运营和患者的用药安全。