检测机构违法使用未注册的医疗器械，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体处罚措施和责任承担方式如下：
行政处罚：
- 根据《医疗器械监督管理条例》第八十一条的规定，对于经营、使用未依法注册的医疗器械的行为，由负责药品监督管理的部门没收违法经营、使用的医疗器械，并处以货值金额15倍以上30倍以下的罚款；若货值金额不足1万元，则处以15万元以上30万元以下的罚款。
- 若违法情节严重，相关责任人员还可能面临没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下的罚款，同时可能被禁止从事相关活动直至由原发证部门吊销医疗器械经营许可证或医疗器械生产许可证，且终身不得从事医疗器械生产经营活动。
刑事责任：
- 如果检测机构使用未注册的医疗器械，且该行为造成了严重后果，如对人体健康造成严重危害或致人死亡，那么相关责任人员可能构成生产、销售不符合标准的医用器材罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于此类犯罪，将根据后果的严重程度，处以三年以下有期徒刑或者拘役，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；或者三年以上十年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；甚至十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。
建议：检测机构应严格遵守相关法律法规，确保所使用的医疗器械均已依法注册，并定期进行自查，以避免不必要的法律风险。如果发现任何违规行为，应立即停止使用并报告相关部门，积极配合调查和处理。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。