当检察院取保候审超期后，应依法及时处理，以保障犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，避免不当限制其人身自由。以下是详细的处理方式及法律依据：

一、处理方式

1. 解除取保候审：

   • 取保候审有最长十二个月的期限限制。超期时，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或辩护人有权要求解除取保候审。
   • 检察院需在七日内对解除取保候审的申请进行审查。若经审查认为不应继续取保候审，应及时制作解除决定书，通知执行机关立即执行，并退还保证金。

2. 变更强制措施：

   • 若案件仍需继续侦查或存在其他需要变更强制措施的情形，检察院应重新作出决定，变更强制措施，如逮捕等。

二、法律依据

• 《中华人民共和国刑事诉讼法》明确规定，取保候审最长不得超过十二个月。若检察院取保候审超期，被取保候审人及其法定代理人、近亲属或辩护人有权要求解除强制措施。
• 《人民检察院刑事诉讼规则》也规定，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或辩护人认为取保候审期限届满，可向人民检察院提出解除取保候审要求。人民检察院应在三日以内审查决定，并依法作出处理。

三、注意事项

• 犯罪嫌疑人、被告人及其相关人员应积极行使权利，监督检察院依法履职。若检察院不依法处理超期取保候审问题，可向其上级检察机关或监察机关反映情况，要求监督纠正。
• 若因超期取保候审侵犯了当事人合法权益，当事人可依据《国家赔偿法》等相关规定，在确认违法后，依法申请国家赔偿。

综上所述，检察院取保候审超期后，应依法及时作出处理决定，要么解除取保候审并退还保证金，要么变更强制措施并重新决定。同时，犯罪嫌疑人、被告人及其相关人员也应积极行使权利，维护自身合法权益。