侵权赔偿款应作为公司的收入入账，具体处理方式需根据款项性质和公司财务制度确定，一般计入“营业外收入”科目，同时需确保财务处理符合会计准则和税法规定。以下是详细说明：

1. 会计处理原则
   根据《企业会计准则》及《公司法》相关规定，原股东因损害公司利益而返还的赔偿款，属于公司非日常经营活动产生的利得，应计入“营业外收入”科目。具体分录为：

   • 借：银行存款（或其他资产科目）
     
   • 贷：营业外收入——赔偿收入
     若赔偿款涉及资产修复或债务抵消（如原股东侵占公司资产后返还），需先冲减相关资产或负债科目，剩余部分再计入营业外收入。

2. 税务处理要点

   • 企业所得税：赔偿款需纳入公司应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。但若符合《企业所得税法》第八条规定的“与取得收入有关的、合理的支出”，可在税前扣除相关损失（如原股东侵权导致的直接损失）。
     
   • 增值税：若赔偿款与货物销售、服务提供等增值税应税行为相关（如原股东未支付货款导致公司损失后赔偿），需按适用税率缴纳增值税；否则一般不涉及增值税。

3. 合规性注意事项

   • 证据留存：公司需保留赔偿协议、法院判决书、转账记录等证据，以证明款项性质及金额。
     
   • 内部审批：财务处理需经公司内部审批流程（如董事会决议），确保程序合法。
     
   • 信息披露：若公司为上市公司，需根据《证券法》及交易所规则披露赔偿款相关事项。

4. 特殊情形处理

   • 赔偿款用于特定用途：若赔偿协议约定款项需用于特定项目（如修复被侵占资产），公司应专款专用，并通过“其他应付款”等科目核算，避免直接计入收入。
     
   • 原股东以非货币资产赔偿：需按《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》进行评估和入账，确认资产价值及损益。

建议：公司财务部门应结合具体案情和财务制度处理入账事宜，必要时可委托会计师事务所审计。若涉及复杂税务问题（如跨境赔偿、关联交易），可进一步向我咨询税务合规方案。