针对您提出的“村书记长期包庇违建、隐瞒事实，并在调解中袒护，这是哪个部门管的”这一问题，结论前置：此类行为主要应由纪检监察部门和上级政府相关部门进行管理和查处。以下从不同角度为您详细分析：
纪检监察部门：
- 村书记作为基层党员干部，其行为受到党的纪律和国家法律的双重约束。如果村书记存在包庇违建、隐瞒事实等违法行为，这首先构成了对党的纪律的违反，纪检监察部门有权对此进行调查和处理。
- 纪检监察部门会依据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，对涉事村书记进行党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等。
上级政府相关部门：
- 违建问题本身属于城乡规划、土地管理等政府部门的管辖范围。如果村书记包庇违建，实际上是在阻碍政府部门的正常执法活动，上级政府相关部门（如乡镇政府、县（区）政府的相关职能部门）有权对此进行干预和处理。
- 上级政府可以通过行政手段，如责令改正、罚款、拆除违建等，来纠正村书记的违法行为，并可以对相关责任人进行行政处分。
法律途径：
- 如果村书记的包庇行为导致了严重的后果，如造成了公共财产的损失或他人合法权益的侵害，那么受害者还可以通过法律途径来维护自己的权益。
- 受害者可以向人民法院提起民事诉讼，要求村书记或相关责任人承担民事赔偿责任。同时，如果村书记的行为构成犯罪（如滥用职权罪、玩忽职守罪等），还可以依法追究其刑事责任。
建议与提醒：
- 如果您发现村书记存在包庇违建、隐瞒事实等违法行为，首先可以向当地的纪检监察部门或上级政府相关部门进行举报和投诉。
- 在举报和投诉时，请尽量提供详细的证据和线索，以便相关部门能够更准确地了解情况并作出处理。
- 同时，您也可以考虑咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于合同纠纷、婚姻家庭领域，但也能就一般法律问题提供建议），了解自己的权益和可能的法律途径，以便更好地维护自己的合法权益。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。