在协商分期还款期间，公司一般不可以直接注销，否则可能面临法律风险和责任承担问题。以下从不同角度为你详细分析：
从合同履行和债务清偿的角度
公司被起诉后与债权人协商分期还款，这本质上是一种债务清偿安排，双方达成了新的还款协议。在公司尚未完全履行完该还款协议、清偿全部债务之前，公司有继续履行还款义务的责任。如果此时注销公司，会导致公司作为债务主体的消亡，使得剩余债务无法按照协议得到清偿，这明显违反了与债权人达成的还款约定，属于违约行为。债权人可以依据相关法律规定和双方协议，追究公司的违约责任，要求公司承担因违约造成的损失，包括但不限于剩余欠款、逾期利息、违约金等。而且，公司的股东、实际控制人等相关责任主体，在特定情况下也可能需要对公司债务承担连带清偿责任。
从公司注销程序和法律规定的角度
公司注销需要经过一系列严格的法定程序，其中一个重要环节就是清算。在公司注销前，必须成立清算组，对公司的财产、债权债务等进行全面清算。在清算过程中，需要通知债权人申报债权，并以公司财产清偿债务。如果公司在协商分期还款期间，明知存在未清偿的债务，却隐瞒该情况直接申请注销，这属于违法注销行为。根据《公司法》等相关法律规定，公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算的，债权人可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
从实际操作的可行性角度
在协商分期还款期间，公司的债务情况处于一种动态的、受监督的状态。债权人会关注公司的还款进度和经营状况，以保障自身债权能够实现。如果公司提出注销申请，市场监管部门在审核过程中，也会要求公司提供债务清偿情况等相关证明材料。一旦发现公司存在未清偿的债务，尤其是正在协商分期还款的债务，市场监管部门通常不会批准公司的注销申请，以确保债权人的合法权益不受侵害。
给你的建议：如果公司确实面临经营困难等情况，想要进行注销等重大变更，应该先与债权人充分沟通协商，争取债权人的理解和同意。可以尝试与债权人重新协商还款计划，在确保债务能够得到妥善清偿的前提下，再按照法定程序进行公司注销。如果在这个过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供详细、专业的解答。