申请刑事案件国家赔偿确实存在时间限制，这一规定主要依据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关条款。以下是对这一问题的详细解答：

1. 一般申请期限：

   • 根据《国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年。这一时效自赔偿请求人知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。
   • 重要例外：被羁押等限制人身自由期间不计入这两年期限内。这意味着，如果赔偿请求人在被羁押期间无法行使请求权，这段时间不会从两年的时效中扣除。

2. 时效中止的情形：

   • 若赔偿请求人在时效的最后六个月内因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他障碍（如严重疾病、无法联系赔偿义务机关等）无法行使请求权，时效将中止。
   • 从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。例如，如果因严重疾病无法行使请求权，待疾病治愈后，时效将继续计算剩余的时间。

3. 特殊情形下的时效计算：

   • 对于刑事赔偿，如果案件之前经过了刑事诉讼程序（如一审、二审或再审），则赔偿请求人需在这些诉讼程序终结后的两年内提出赔偿请求。
   • 若在申请时效的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍导致无法行使请求权，同样适用时效中止的规定。

4. 赔偿义务机关的响应与后续流程：

   • 赔偿义务机关应在收到申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定。若在规定期限内未作出决定，赔偿请求人有权自期限届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼。
   • 若赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议，或者赔偿义务机关作出不予赔偿的决定，赔偿请求人同样可以在赔偿义务机关作出相关决定之日起三个月内向人民法院提起诉讼。

实际操作建议：

• 鉴于申请国家赔偿涉及复杂的法律程序和严格的时效要求，我建议你一旦发现自己的权益可能受到国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯，应尽快准备相关申请材料，并向我咨询具体的法律程序和策略。
• 这样可以确保你的权益得到有效维护，同时避免因超过时效期间而丧失申请资格。

总结：申请刑事案件国家赔偿需严格遵守法定时效和相关程序规定。通过及时了解并遵循这些规定，你可以更有效地维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。