结论：在员工被举报污蔑且公司证据明确却恶意包庇的情况下，员工一般不能直接起诉公司，但可以通过其他途径维护自身权益。以下从不同角度进行分析：
从直接起诉公司的角度
- 法律关系分析：
- 员工被举报污蔑，这涉及到名誉权等民事权益可能受到侵害的问题。然而，公司在此情境下的恶意包庇行为，并不直接构成员工可以直接起诉公司的独立侵权行为（在大多数情况下）。因为公司并非污蔑行为的直接实施者，员工若要起诉，关键在于确定污蔑行为的实施主体以及该行为是否构成侵权。如果污蔑行为是其他员工所为，那么被污蔑员工与污蔑员工之间可能存在名誉权纠纷等民事法律关系，而非直接与公司产生这种侵权诉讼关系。
- 例如，员工A污蔑员工B，公司明知证据确凿却包庇A。此时，B不能直接以公司包庇为由起诉公司侵犯其名誉权，因为公司不是污蔑行为的直接加害人。
- 诉讼主体资格：
- 在民事诉讼中，原告需要是与案件有直接利害关系的公民、法人和其他组织。在上述例子中，公司并非污蔑行为的直接利害关系人（从被污蔑员工角度看），所以被污蔑员工一般不能直接以公司为被告提起侵权诉讼。
从其他维护权益途径的角度
- 向公司内部申诉：
- 员工可以先依据公司内部的规章制度，向更高层级的管理部门或者专门的申诉处理机构进行申诉。很多公司都有内部投诉处理机制，旨在公平公正地处理员工之间的纠纷以及员工对公司管理行为的不满。
- 例如，公司设有员工关系部门或者监察部门，员工可以向这些部门提交详细的申诉材料，包括举报内容、相关证据以及公司包庇的证据等，要求公司重新调查并公正处理。
- 向劳动监察部门投诉：
- 如果公司的行为违反了劳动法律法规，例如公司的不当处理行为影响了员工的劳动权益（如因被污蔑而遭受不公正的绩效考核、降职降薪等），员工可以向当地劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门有权对公司的劳动用工行为进行监督检查，对于违反劳动法律法规的行为，会责令公司改正，并可能对公司进行相应的行政处罚。
- 以污蔑员工为被告提起民事诉讼：
- 如果能够确定污蔑行为的实施主体，并且该行为确实对员工的名誉权等造成了损害，员工可以以污蔑员工为被告，向法院提起民事诉讼，要求其停止侵害、赔礼道歉、消除影响、恢复名誉，并赔偿相应的损失。
- 例如，员工A在公司的微信工作群中发布不实信息污蔑员工B，B可以收集微信聊天记录等证据，以A为被告向法院起诉，要求A承担相应的民事责任。
建议：员工在遇到这种情况时，要尽可能收集和保留相关证据，如举报材料、公司处理的相关文件、证人证言等。同时，要根据具体情况选择合适的途径来维护自己的合法权益。如果对具体的法律程序和权益维护方式不清楚，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。