结论：公司车子还在按揭但公司因欠款被法院查封的情况下，按揭的车子是否会被法院拍卖，取决于多个因素，包括车辆是否属于公司财产、是否设定了抵押权、以及法院的执行措施等。以下是对这些因素的详细分析：
一、车辆是否属于公司财产
车辆所有权归属：
- 如果车辆登记在公司名下，且公司是车辆的实际所有者，那么车辆属于公司财产，有可能被法院纳入执行范围。
- 如果车辆虽然登记在公司名下，但实际所有权属于其他个人或实体（如通过挂靠、租赁等方式），则车辆可能不被视为公司财产，从而不被法院拍卖。
证据收集：
- 在确定车辆所有权归属时，需要收集相关证据，如购车合同、发票、车辆登记证书等，以证明车辆的实际所有者。
二、车辆是否设定了抵押权
抵押权的影响：
- 如果车辆在按揭期间已经设定了抵押权（即车辆作为贷款的担保物），那么抵押权人（通常是银行或金融机构）对车辆享有优先受偿权。
- 在这种情况下，即使车辆被法院查封，法院在拍卖车辆时也需要考虑抵押权人的利益，通常会将拍卖所得优先用于偿还抵押贷款。
抵押权登记：
- 抵押权的设立通常需要进行登记，以对抗第三人。因此，在查询车辆是否设定了抵押权时，可以查阅车辆登记证书或相关抵押登记记录。
三、法院的执行措施
查封与拍卖的关系：
- 法院查封车辆是执行程序的一部分，旨在防止车辆被转移或隐匿。查封并不直接导致车辆被拍卖，但为后续的拍卖程序提供了法律基础。
- 如果公司未能履行生效法律文书确定的义务（如偿还欠款），法院可能会决定拍卖查封的车辆以清偿债务。
拍卖程序：
- 拍卖车辆需要遵循严格的法律程序，包括评估车辆价值、发布拍卖公告、组织拍卖等。
- 在拍卖过程中，需要确保拍卖的公正性和透明度，以保护各方当事人的合法权益。
四、特殊情况考虑
生活必需品保护：
- 如果车辆是公司用于生产经营的必要工具，且拍卖车辆会严重影响公司的正常运营和员工的生计，法院可能会考虑不拍卖车辆或采取其他执行措施。
和解或调解：
- 在执行过程中，公司可以与债权人协商和解或调解，通过达成协议来避免车辆被拍卖。例如，公司可以提出分期偿还欠款、提供其他担保物等方案。
五、建议与行动
咨询专业律师：
- 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议公司咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据公司的具体情况和当地法律法规，为公司提供量身定制的解决方案。
积极应对执行程序：
- 如果车辆确实面临被拍卖的风险，公司应积极应对执行程序，配合法院的工作，并尝试通过和解、调解等方式解决问题。同时，公司也可以考虑提供其他担保物或提出分期偿还欠款的方案，以减轻执行压力。
关注车辆所有权和抵押权情况：
- 公司应密切关注车辆的所有权和抵押权情况，确保相关证据的完整性和准确性。如果发现车辆所有权或抵押权存在争议或问题，应及时向法院提出异议并寻求法律救济。
最后，如果公司车子还在按揭但因欠款被法院查封，是否会被拍卖取决于车辆是否属于公司财产、是否设定了抵押权以及法院的执行措施等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。