结论：起诉总公司时，在一定条件下可以保全分公司的财产，但需要根据具体情况和法律规定来判断，并确保提供充分的理由和证据。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律主体关系与财产性质
- 分公司法律地位：根据《中华人民共和国公司法》第十三条，分公司不具有独立的法人资格，是总公司的分支机构，其民事责任由总公司承担。因此，从法律角度看，分公司的财产通常被视为总公司财产的一部分。
- 财产独立性：如果分公司拥有相对独立的财产，且该财产与总公司的财产能够明确区分，那么在特定情况下，可以对这部分财产进行保全。例如，分公司有独立的银行账户、房产等，且这些财产未与总公司财产混同。
二、财产保全的原则与条件
- 保全对象：财产保全的对象应当是与案件有直接利害关系的当事人的财产。在民事诉讼中，如果总公司是案件的被告，原则上应首先对总公司的财产进行保全。但如前所述，若分公司财产具有相对独立性，且与案件有直接关联，也可成为保全对象。
- 保全必要性：申请保全时，必须向法院提供充分的证据证明保全的必要性。例如，存在可能因当事人一方的行为或其他原因使判决难以执行或造成当事人其他损害的情形。这通常需要提供证据证明总公司有转移、隐匿财产的风险，或者分公司财产与案件执行有直接关系。
- 担保要求：部分法院可能要求申请人提供担保，以赔偿因错误保全给被申请人造成的损失。担保方式可以是现金、银行保函、房产抵押等。具体担保要求需根据法院规定和案件情况确定。
三、实际操作步骤与注意事项
准备申请材料：
- 财产保全申请书：详细陈述申请保全的理由、请求保全的财产范围及金额等。
- 相关证据材料：证明总公司与分公司之间的关联关系，以及分公司拥有可供保全的财产的证据。例如，工商登记信息、财务报表、资产清单等。
- 担保材料（如法院要求）：根据法院要求提供相应的担保材料。
向法院提出申请：
- 确定管辖法院：通常应向审理本案的法院提出财产保全申请。
- 提交申请材料：将准备好的申请材料提交给法院，并按照法院的要求缴纳申请费。
配合法院执行：
- 提供必要协助：法院在审查申请后，可能会要求申请人提供进一步的证据或协助调查。申请人应积极配合法院的工作。
- 关注保全进展：了解保全措施的执行情况，如有需要，及时向法院反馈并寻求帮助。
注意事项：
- 确保申请理由充分：申请财产保全需要有充分的理由和证据支持，否则可能被法院驳回。
- 注意保全期限：财产保全措施通常有一定的期限限制，申请人应在期限内提起诉讼或申请仲裁，否则保全措施可能会被解除。
- 尊重被申请人的合法权益：在申请财产保全时，应尽量避免对被申请人的正常经营活动造成不必要的干扰和损失。
四、可能面临的法律后果
- 保全成功：如果法院裁定准许保全分公司的财产，那么这些财产将在保全期间内被冻结或查封，以确保将来判决的执行。
- 保全失败：如果法院认为申请保全的理由不充分或证据不足，可能会驳回保全申请。此外，如果申请人未能在保全期限内提起诉讼或申请仲裁，保全措施也可能会被解除。
- 错误保全的赔偿责任：如果因错误保全给被申请人造成损失，申请人可能需要承担赔偿责任。因此，在申请保全前，应充分评估风险并准备相应的担保。
总结：起诉总公司时能否保全分公司的财产并非一成不变，而是需要根据具体的案件情况、法律主体关系、财产保全的规定以及法院的审查判断来确定。在实际操作中，应遵循相关法律法规的要求，提供充分的理由和证据，并严格按照流程向法院提出申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。