针对您提出的“虚开增值税发票是怎么处理”的问题，这确实是一个涉及税务合规和法律责任的重要议题。我将从虚开增值税普通发票和虚开增值税专用发票两种情况，为您详细阐述处理方式和相关法律责任。
一、虚开增值税普通发票的处理
非善意取得虚开发票：
- 纳税申报与滞纳金：若企业非善意取得虚开发票并已税前扣除对应成本，需调增年度应纳税所得额并补缴企业所得税，同时自滞纳税款之日起，每日按滞纳税款的万分之五加收滞纳金。
- 行政处罚：根据《税收征收管理法》，此类行为可能被视为偷税，面临追缴税款、滞纳金及不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。同时，根据《发票管理办法》，虚开发票者还将面临没收违法所得及根据虚开金额处以的罚款。
- 刑事处罚：若涉及金额较大，可能触犯《刑法》，面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚；情节特别严重的，将处以二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
善意取得虚开发票：
- 重新取得合法发票：若能重新从销售方取得合法有效的专用发票，并提供销售方所在地税务机关正在查处虚开行为的证明，其购进货物或应税劳务的进项税额可抵扣，相应成本费用可在企业所得税前扣除。
- 无法重新取得合法发票：若无法重新取得合法发票，相关支出不得在发生年度税前扣除，企业应调增该年度应纳税所得额并补缴企业所得税，但此种情况下不加收滞纳金。
二、虚开增值税专用发票的处理
初步核实与确认：
- 企业财务人员应仔细核对发票的各项信息，确保与实际交易相符。若发现异常，应立即展开内部调查，并通过与销售方沟通、向税务机关咨询或查询相关信息系统等方式，确认发票是否为虚开。
及时报告与处理：
- 未抵扣进项税额：一旦确认收到虚开的增值税专用发票且尚未抵扣进项税额，应及时向主管税务机关报告情况，并要求销售方收回虚开的发票，按照真实交易重新开具合法有效的增值税专用发票。
- 已抵扣进项税额：根据相关规定，已抵扣的进项税额必须作转出处理，并补缴相应的增值税税款及滞纳金。同时，积极配合税务机关的调查，提供所需的所有资料和信息。
后续防范与管理：
- 加强供应商管理，进行严格的信用评估和背景调查。
- 规范业务流程，明确约定交易的各项条款，并保留好相关的原始凭证。
- 加强财务人员培训，提高其业务水平和风险意识。
- 建立发票审核机制，确保所有发票都经过严格审核后再进行入账或抵扣。
- 若因虚开增值税专用发票导致公司遭受损失，可考虑通过法律途径追究相关责任人的法律责任。
总结与建议
虚开增值税发票是严重的违法行为，不仅会导致企业面临税务处罚和刑事责任，还会损害企业的声誉和信誉。因此，企业在日常经营中应加强财务管理和合规审查，确保所取得的发票真实、合法、有效。一旦发现发票存在问题，应立即与开票方沟通更换合法发票，并及时向税务机关报告情况。同时，建议企业定期组织财务人员参加税收法律法规和发票管理方面的培训，提高其业务水平和风险意识，以预防类似问题的再次发生。