结论：关于合同违约金千分之一，违约后中途还了一部分钱，这部分钱是否算本金，需根据合同具体条款、双方约定及实际履行情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确约定：

   • 若合同中明确约定了还款顺序：例如，合同中明确规定“还款首先用于抵扣本金，剩余部分再抵扣违约金或其他费用”，则中途归还的款项应按照合同约定的顺序进行抵扣。在此情况下，归还的钱款应优先算作本金。
   • 若合同中未明确约定还款顺序：则需根据法律规定或交易习惯来确定还款的抵扣顺序。

2. 法律规定的默认规则：

   • 根据《民法典》及相关司法解释：在债务人同时承担多项债务（如本金、利息、违约金等）时，若债务人未明确指定还款用途，且各项债务均已到期，则一般按照以下顺序抵扣：实现债权的有关费用、利息、主债务（本金）。但这一规则并非绝对，若双方有特别约定或存在其他特殊情况，可能按照其他顺序抵扣。
   • 具体到本题：若合同未明确约定还款顺序，且违约金与本金均已到期，则中途归还的款项可能首先用于抵扣违约金（若违约金有优先受偿的约定或法律特别规定），剩余部分再抵扣本金；但更常见的做法是，在无特别约定时，先抵扣利息或费用（如有），再抵扣本金，违约金可能作为最后一项进行抵扣（这取决于具体合同条款和法律规定）。然而，由于违约金是因违约行为而产生的，且通常与本金直接相关，因此在实践中，若违约金数额不大，且双方无特别约定，法院或仲裁机构也可能倾向于将归还的款项首先用于抵扣本金，以体现公平原则。

3. 双方的实际履行情况：

   • 若双方在实际履行过程中对还款顺序有口头或书面的一致意见：则应按照双方的实际履行情况来确定还款的抵扣顺序。例如，若双方口头约定“先还本金，再还违约金”，且这一约定在实际履行过程中得到了体现，则应按照该约定执行。
   • 若双方对还款顺序存在争议：且无法提供充分证据证明各自的主张，则可能需要根据合同条款、交易习惯、公平原则等因素进行综合判断。

4. 建议与注意事项：

   • 审查合同条款：首先，应仔细审查合同中的相关条款，特别是关于还款顺序、违约金计算方式等内容的约定。
   • 收集证据：若双方对还款顺序存在争议，应尽可能收集相关证据（如还款记录、沟通记录等）以支持自己的主张。
   • 协商或诉讼：在无法达成一致意见的情况下，可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

举例说明：假设合同约定违约金为每日千分之一，本金为10万元，违约期限为30天，则违约金总额为3000元。若违约后中途归还了5000元，且合同未明确约定还款顺序，则：

• 若按照先抵扣违约金再抵扣本金的顺序，则归还的5000元中，3000元用于抵扣违约金，剩余2000元用于抵扣本金，此时剩余本金为8万元。
• 若按照先抵扣本金再抵扣违约金的顺序（假设法院或仲裁机构基于公平原则作出此判断），则归还的5000元全部用于抵扣本金，此时剩余本金为5万元，违约金仍需按剩余本金计算（但已归还部分不再计算违约金）。

最终建议：由于具体情况可能因合同条款、双方约定及实际履行情况而有所不同，因此建议在实际操作中咨询专业律师以获取更准确的法律建议。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。