公交公司不能仅因驾驶员发生交通事故且事故费用超过100万就单方面解除合同，这一行为是否有效需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：如果公交公司与驾驶员签订的劳动合同中明确约定，驾驶员发生交通事故且事故费用超过一定金额（如100万）时，公交公司有权解除合同，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么公交公司依据合同约定解除合同的行为是有效的。但需要注意的是，合同中的约定应当合理且明确，不能存在显失公平或违法的情况。

2. 合同中无明确约定：如果劳动合同中没有此类明确约定，公交公司不能仅凭事故费用超过100万就单方面解除合同。此时，公交公司需要依据其他法律法规或合同条款来主张解除合同的权利。

二、法律法规角度

1. 《劳动合同法》的相关规定：根据《劳动合同法》的规定，用人单位解除劳动合同需要符合法定条件，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。如果公交公司仅以事故费用超过100万为由解除合同，而不符合其他法定解除条件，那么这一行为可能构成违法解除劳动合同。

2. 交通事故责任与劳动合同解除的关系：交通事故责任本身并不直接导致劳动合同的解除。除非交通事故责任构成严重违反用人单位规章制度或严重失职等情形，并且给用人单位造成了重大损害，否则公交公司不能仅凭交通事故责任就解除合同。

三、实际损害与解除合同的关系

1. 实际损害程度：即使事故费用超过了100万，也需要评估这一费用对公交公司实际造成的损害程度。如果事故费用虽然高昂，但并未对公交公司的正常运营造成严重影响，或者公交公司已经通过保险等方式得到了合理补偿，那么公交公司以此为由解除合同可能缺乏合理性。

2. 解除合同的必要性：公交公司在考虑解除合同时，还需要评估解除合同的必要性。如果通过其他方式（如培训、调整工作岗位等）能够解决驾驶员存在的问题，并且避免解除合同带来的不利影响，那么公交公司应当优先考虑这些方式。

四、建议与措施

1. 审查合同条款：公交公司应当仔细审查与驾驶员签订的劳动合同条款，确保合同中的约定合法且合理。如果合同中存在不明确或违法的条款，应当及时进行修改或补充。

2. 完善规章制度：公交公司应当建立完善的规章制度，明确驾驶员在发生交通事故时的责任和后果。同时，规章制度应当经过民主程序制定并公示，以确保其合法性和有效性。

3. 依法处理交通事故：在发生交通事故后，公交公司应当依法处理事故，包括报警、配合调查、协商赔偿等。同时，公交公司应当及时评估事故对公司的实际影响，并据此决定是否解除合同。

4. 寻求法律帮助：如果公交公司对解除合同的问题存在疑问或争议，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助公交公司合法、合理地处理劳动合同解除问题。

总结来说，公交公司不能仅凭事故费用超过100万就单方面解除与驾驶员的劳动合同。是否解除合同需要根据合同约定、法律法规以及实际损害程度等多方面因素进行综合评估。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。