针对农药行政处罚中货值金额5000元以上的处理，需结合违法情节、危害后果及法律规定综合判定，具体处理方式如下：

1. 行政处罚的法律依据与核心原则
   根据《农药管理条例》第五十五条至第六十三条，农药行政处罚的裁量需遵循“过罚相当”原则，即处罚力度应与违法行为的性质、情节及社会危害程度相适应。货值金额5000元以上通常被认定为“情节较重”或“情节严重”，但需结合具体违法情形进一步判定。

2. 分情形处理规则

   • 情形一：生产、经营假农药或劣质农药（货值5000元以上）
     若涉及生产、经营假农药、劣质农药，且货值金额超过5000元，根据《农药管理条例》第五十五条、第五十六条，处罚包括：

     • 没收违法所得、违法经营的农药及用于违法生产的工具、设备、原材料等；
       
     • 并处货值金额5倍以上10倍以下罚款（假农药）或 2倍以上5倍以下罚款（劣质农药）；
       
     • 情节严重的，吊销农药生产许可证、经营许可证，并由发证机关限制其从业（如5年内不得申请相关许可）。
       

   • 情形二：未取得农药生产、经营许可证擅自生产、经营（货值5000元以上）
     根据《农药管理条例》第五十二条，未取得许可证擅自生产、经营农药且货值超过5000元的，处罚包括：

     • 责令停止生产、经营；
       
     • 没收违法所得、违法经营的农药及用于违法生产的工具、设备等；
       
     • 并处货值金额5倍以上10倍以下罚款；
       
     • 构成犯罪的，依法追究刑事责任（如非法经营罪）。
       

   • 情形三：农药标签、说明书不符合规定（货值5000元以上）
     若农药标签、说明书存在虚假内容或未标注有效成分、含量等关键信息，且货值超过5000元，根据《农药管理条例》第五十三条，处罚包括：

     • 责令改正；
       
     • 没收违法所得、违法经营的农药；
       
     • 并处货值金额1倍以上3倍以下罚款；
       
     • 拒不改正或情节严重的，吊销农药经营许可证。
       

3. 从重处罚的特殊情形
   若存在以下情形之一，行政机关可依法从重处罚（如提高罚款倍数、直接吊销许可证）：

   • 违法产品已造成人身伤害、财产损失或环境污染；
     
   • 拒不配合调查、隐匿证据或多次违法；
     
   • 违法产品涉及高毒、剧毒农药或国家禁用成分；
     
   • 违法行为发生在农产品主产区、生态敏感区等重点区域。
     

4. 程序性权利与救济途径

   • 陈述申辩权：当事人有权在收到处罚告知书后3日内提出陈述、申辩，行政机关需复核并采纳合理意见；
     
   • 听证权：若拟处罚金额超过3万元（部分地区为1万元），当事人可申请听证，行政机关应公开举行听证会；
     
   • 行政复议与诉讼：对处罚决定不服的，可在60日内申请行政复议或6个月内直接提起行政诉讼。
     

提示：农药行政处罚的裁量需结合具体违法事实、证据及地方性法规（如省级农业农村部门制定的裁量基准）综合判定。若涉及复杂情节或争议，建议提供详细案情（如违法产品类型、货值计算方式、是否造成危害等），以便进一步分析。