在已经超过使用期限的临时用地上建设房屋，属于违法行为，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体分析如下：
根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条、第七十八条及《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十二条的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对于在超过使用期限的临时用地上建设房屋的行为，自然资源主管部门有权责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。若逾期不拆除，相关部门可依法申请人民法院强制执行，并可能处以罚款，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下，具体标准根据土地类型和违法情节确定。
若非法占用土地行为情节严重，例如占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地大量毁坏，则可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。根据该条款，行为人将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
建议：若已发生此类违法行为，建议立即停止建设活动，主动与自然资源主管部门沟通，配合调查并积极整改（如拆除违建、恢复土地原状），以争取从轻处理。若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
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