结论前置：签三方协议时扣的私企公章，在正常情况下不会对私企产生负面影响，但若存在公章使用不当或协议内容违法等情形，则可能给私企带来法律风险。以下从不同角度进行详细分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是私企对外表示意思的重要工具，具有法律效力。在三方协议上加盖公章，通常意味着私企认可协议内容，并愿意承担相应的法律责任。
   • 若公章使用得当，即按照公司章程或内部规定进行使用，且协议内容合法合规，那么加盖公章的行为不会对私企产生负面影响。

2. 公章使用不当的风险：

   • 未经授权使用：如果公章被未经授权的人员使用，或者在使用过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么私企可能面临因公章使用不当而产生的法律责任。例如，如果非公司法定代表人或授权代表在三方协议上加盖公章，且公司事后不认可该协议，那么公司可能需要通过法律途径来证明公章使用的不当性，并可能因此承担一定的法律风险。
   • 协议内容违法：如果三方协议的内容违反法律法规或公序良俗，那么即使加盖了公章，该协议也可能被认定为无效。在这种情况下，私企不仅可能无法实现协议目的，还可能因协议违法而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

3. 公章管理的建议：

   • 完善公章管理制度：私企应建立完善的公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的使用符合公司规定和法律法规要求。
   • 加强公章使用监督：私企应加强对公章使用的监督，确保公章的使用情况得到及时、准确的记录，并定期对公章使用情况进行审计和检查。
   • 提高法律意识：私企应提高员工的法律意识，确保员工在使用公章时能够遵守法律法规和公司规定，避免因公章使用不当而给公司带来法律风险。

后续行动建议：若您作为私企的代表或相关人员，在签三方协议时扣了公章，建议您及时确认协议内容是否合法合规，并确保公章的使用得到了适当的授权和审批。如有任何疑问或担忧，建议您直接向我咨询，以便我能够根据您的具体情况提供更详细的法律建议。