合同主体可以有两个甲方，且分别是总公司和分公司，即使法人一样，这种安排在法律上也是可行的，但需要注意一些关键的法律要点。
合同主体的合法性：
- 总公司和分公司作为两个独立的法律实体（尽管分公司不具有独立的法人资格，但在民事活动中可以作为独立的主体参与），可以共同作为合同的一方。这种安排在商业实践中并不罕见，特别是在一些大型企业集团或跨国公司中，为了明确责任、权利或便于管理，可能会采用这样的合同结构。
法人一致性的影响：
- 即便总公司和分公司的法人代表相同，这并不影响它们作为两个独立主体在合同中的地位。法人代表的一致性主要影响的是合同签署和执行的便利性，以及可能涉及的内部审批流程，但并不改变合同主体的法律性质。
合同内容的明确性：
- 在合同中，必须明确区分总公司和分公司的权利和义务。这包括但不限于：各自的责任范围、付款义务、违约责任等。如果合同内容模糊不清，可能会导致在执行过程中出现争议，甚至引发法律纠纷。
法律后果的承担：
- 分公司虽然不具有独立的法人资格，但其民事责任通常由总公司承担。然而，在合同中明确区分总公司和分公司的责任，可以在一定程度上保护总公司的利益，避免不必要的法律风险。例如，如果分公司因违约而需要承担赔偿责任，但合同中明确规定了赔偿的上限或范围，那么总公司就可以根据合同条款来限制其赔偿责任。
实际操作中的建议：
- 在签订此类合同时，建议咨询专业律师，以确保合同内容的合法性和有效性。律师可以帮助审查合同条款，提供法律意见，并在必要时协助修改合同，以保护当事人的合法权益。
- 此外，合同双方应保留好与合同相关的所有文件和记录，以备不时之需。这些文件和记录可能包括合同草案、修改记录、签署文件、付款凭证等。
举例说明：
假设一家大型制造企业（总公司）与其下属的一个销售分公司共同作为甲方，与一家供应商（乙方）签订了一份采购合同。合同中明确规定了总公司和分公司的各自责任，如总公司负责提供采购资金，分公司负责接收货物并验收。同时，合同还规定了违约责任和争议解决方式。这样的合同结构既明确了双方的权利和义务，又便于管理和执行。
总结与建议：
合同主体可以有两个甲方且分别是总公司和分公司，即使法人一样也是可行的。但关键在于合同内容的明确性和合法性。因此，在签订此类合同时，务必咨询专业律师，并确保合同条款清晰、明确、合法。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。