在工程挂靠合同纠纷中，被挂靠单位常见的抗辩事由主要包括以下几点：

1. 挂靠行为无效，合同自始不成立

   • 法律依据与解释：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，挂靠行为通常因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。被挂靠单位可以主张，由于挂靠合同本身无效，因此基于该合同产生的权利义务关系也应自始不存在，从而拒绝承担合同约定的责任。
   • 实际应用：在实际案例中，被挂靠单位常以此为由，拒绝向挂靠人支付工程款或承担其他合同义务，同时主张挂靠人应自行承担因挂靠行为产生的法律后果。

2. 挂靠人实际施工，被挂靠单位未参与管理

   • 抗辩理由：被挂靠单位可以主张，在挂靠关系中，实际施工的是挂靠人，被挂靠单位并未参与工程的具体管理、施工和质量控制等环节。因此，对于因施工质量、工期延误等问题产生的损失，被挂靠单位不应承担责任。
   • 证据要求：为了支持这一抗辩，被挂靠单位需要提供证据证明其确实未参与工程的管理和施工，如工程进度报告、施工日志、会议纪要等，这些证据应显示挂靠人是实际施工主体。

3. 已尽到合理审查义务，无过错

   • 抗辩思路：被挂靠单位可以主张，在签订挂靠合同时，其已对挂靠人的资质、信誉等进行了合理审查，并尽到了必要的注意义务。因此，对于挂靠人后续因自身原因产生的法律问题，被挂靠单位不应承担责任。
   • 审查内容：合理审查义务通常包括对挂靠人的营业执照、资质证书、业绩证明等文件的审核，以及对挂靠人实际施工能力的评估。被挂靠单位需要保留相关审查记录作为证据。

4. 挂靠人违约或违法行为导致损失

   • 抗辩情形：如果挂靠人在施工过程中存在违约或违法行为，如偷工减料、使用不合格材料、拖欠农民工工资等，导致工程出现质量问题或引发法律纠纷，被挂靠单位可以主张这些损失应由挂靠人自行承担。
   • 责任划分：在此情况下，被挂靠单位需要明确区分自身责任与挂靠人责任，通过合同条款或法律规定来划清责任界限，避免承担不必要的法律责任。

5. 第三方原因导致损失，与被挂靠单位无关

   • 抗辩理由：如果工程损失是由第三方原因造成的，如自然灾害、政府行为、第三方侵权等，被挂靠单位可以主张这些损失与其无关，不应由其承担赔偿责任。
   • 证据收集：为了支持这一抗辩，被挂靠单位需要收集相关证据证明损失是由第三方原因造成的，如气象报告、政府文件、警方调查报告等。

法律建议：

• 完善合同条款：在签订挂靠合同时，被挂靠单位应明确约定双方的权利义务关系、责任划分、违约责任等内容，以减少纠纷发生的可能性。
• 加强过程管理：尽管被挂靠单位可能未直接参与施工，但仍应加强对挂靠人的过程管理，定期检查工程进度和质量，确保工程顺利进行。
• 及时收集证据：在发生纠纷时，被挂靠单位应及时收集相关证据，如合同文件、审查记录、工程进度报告等，以支持其抗辩事由。

可能后果：

• 如果被挂靠单位的抗辩事由得到法院支持，其可能无需承担或仅需承担部分合同责任。
• 如果抗辩事由不成立或证据不足，被挂靠单位可能需要承担全部或部分合同责任，包括支付工程款、赔偿损失等。

在处理工程挂靠合同纠纷时，被挂靠单位应充分了解自身权利义务关系，积极收集证据支持其抗辩事由，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。