禁养区养殖违法的处理部门主要是环境保护主管部门和农业农村主管部门，具体职责划分及处理流程如下：
环境保护主管部门：
- 职责：环境保护主管部门负责监督和管理养殖活动对环境的影响。在禁养区内进行养殖活动，若违反了环境保护相关法律法规，如造成水污染、土壤污染或空气污染等，环境保护主管部门将有权进行查处。
- 处理方式：一旦发现禁养区内有违法养殖行为，环境保护主管部门将依法进行调查取证，并根据违法情节的轻重，采取责令停止违法行为、罚款、责令限期治理或恢复原状等措施。若违法行为构成犯罪，还将依法移送司法机关追究刑事责任。
农业农村主管部门：
- 职责：农业农村主管部门负责畜牧业的管理工作，包括养殖场的规划、布局、建设以及养殖活动的监管等。在禁养区的划定和管理方面，农业农村主管部门也扮演着重要角色。
- 处理方式：农业农村主管部门在发现禁养区内有违法养殖行为时，将依据相关法律法规进行查处。这可能包括责令搬迁、关闭养殖场、没收违法所得以及罚款等措施。同时，农业农村主管部门还会与环境保护主管部门等部门协同工作，共同打击禁养区内的违法养殖行为。
在实际操作中，两个部门可能会根据具体情况进行联合执法：
- 当禁养区内的养殖活动同时违反了环境保护和畜牧业管理相关法律法规时，环境保护主管部门和农业农村主管部门可能会组成联合执法小组，共同进行调查取证和处理工作。
- 联合执法有助于确保处理工作的全面性和有效性，避免出现部门间职责不清或推诿扯皮的情况。
法律背景与建议：
- 禁养区的划定是为了保护生态环境和公共利益，防止养殖活动对环境造成不可逆转的损害。因此，任何单位和个人都应严格遵守禁养区的相关规定，不得在禁养区内进行违法养殖活动。
- 若您发现禁养区内有违法养殖行为，可以向当地的环境保护主管部门或农业农村主管部门举报。相关部门在接到举报后，将依法进行调查处理，并保护举报人的合法权益。
- 作为养殖户或相关利益方，您应密切关注当地政府发布的禁养区划定和管理政策，确保自己的养殖活动符合法律法规要求。若因政策调整导致养殖场需要搬迁或关闭，您应积极配合政府工作，并依法维护自己的合法权益。
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