结论：变更股份是否会有留存，这主要取决于变更的具体方式、目的以及公司章程或相关协议中的规定。以下从不同角度进行详细分析：
股份转让：
- 当股东将其持有的股份转让给其他股东或第三方时，原股东的股份将减少或消失，而受让方的股份将增加。在这种情况下，如果转让的是全部股份，则原股东在公司中将不再留存任何股份；如果转让的是部分股份，则原股东仍会留存部分股份。
- 法律依据：根据《公司法》的相关规定，股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
股份增发或回购：
- 如果公司增发新股，现有股东的股份比例可能会被稀释，但他们持有的股份数量本身可能并未减少（除非他们选择不购买新增发的股份）。然而，从“留存”的角度来看，股东仍然持有股份，只是比例可能有所变化。
- 如果公司回购股份，这些股份可能会被注销或作为库存股保留。如果注销，则公司总股本减少，股东的股份比例可能相应上升（除非他们也出售了部分股份）；如果作为库存股保留，则这些股份不再属于任何股东，但公司可以在未来再次出售或用于其他目的。在这种情况下，对于被回购股份的股东来说，他们的股份在公司中不再留存。
公司合并或分立：
- 在公司合并的情况下，合并各方的债权、债务由合并后存续的公司或者新设的公司承继。股东的股份可能会根据合并协议进行转换或调整。如果合并后公司继续存在，股东的股份可能会以某种形式留存；如果合并后设立新公司，股东的股份可能会转换为新公司的股份。
- 在公司分立的情况下，公司的财产将分割为两个或两个以上的公司。股东的股份可能会根据分立协议进行分配。如果分立后的公司继续存在并承接了原公司的部分股份，则股东的股份可能会在这些公司中留存；如果分立导致原公司解散，则股东的股份将不再留存于原公司，但可能以其他形式（如新公司的股份）继续存在。
公司章程或协议中的特殊规定：
- 公司章程或股东之间的协议可能包含关于股份变更的特殊规定。例如，某些协议可能规定在特定情况下（如股东离职、退休或违反协议条款时），其持有的股份必须被回购或转让给其他股东。在这种情况下，股份的留存将受到这些特殊规定的约束。
建议：
- 在进行股份变更时，务必仔细审查公司章程和相关协议中的规定，以确保变更符合法律要求和公司内部规定。
- 如果对股份变更的具体操作或法律后果存在疑问，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见和指导。
可能后果：
- 如果股份变更未按照法律要求和公司内部规定进行，可能会导致变更无效或引发法律纠纷。
- 股份变更可能影响公司的股权结构、治理结构和经营决策等方面，因此应谨慎对待并充分考虑其可能带来的后果。
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