关于摩托车在应急车道行驶的处罚问题，首先需要明确的是，应急车道是专为紧急情况设置的，非紧急情况下严禁占用，这是为了确保救援车辆能够快速到达事故现场，保障道路通行安全。对于摩托车在应急车道行驶的处罚，主要依据相关交通法规进行，以下是对此问题的详细解答：
一、一般情况下的处罚
扣分情况：
- 无论是摩托车还是其他机动车，在高速公路或城市快速路上违法占用应急车道行驶的，通常都会被记6分。这是根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》明确规定的。
罚款情况：
- 非紧急情况下占用应急车道的车辆，包括摩托车，罚款通常为20元以上200元以下。但需注意，不同地区的具体罚款金额可能有所不同，部分省份的最高罚款可达500元。
二、特殊情况下的加重处罚
加重罚款：
- 如遇交通管制期间强行占用应急车道的，罚款金额会显著提高，通常在1000元至2000元之间。这一处罚措施旨在严厉打击恶意占用应急车道的行为。
拘留处罚：
- 在某些严重情况下，如严重违反交通管制规定或造成严重后果的，摩托车驾驶员还可能面临15日以下的拘留处罚。
三、紧急情况下的特殊处理
- 在高速公路上遇到紧急情况（如车辆故障、交通事故等）时，摩托车可以临时停在应急车道上。但此时必须确保车辆停在应急车道白线内，并尽可能靠近高速护栏、远离行车道。
- 同时，摩托车驾驶员必须开启双闪灯，并在车辆后方150米处放置三角警示牌（能见度低或夜晚时距离应适当提升至200米以上）。未按规定开启双闪或放置三角警示牌的，也可能会受到罚款和扣分的处罚。
- 紧急情况下在应急车道停车通常不会被处罚，但需提供相关证据证明确实存在紧急情况，如报警记录、现场照片等。
四、建议与总结
- 严格遵守交通法规：摩托车驾驶员应充分了解并遵守相关法律法规，避免不必要的法律风险和安全隐患。
- 尊重应急车道的特殊用途：应急车道是专为紧急情况设置的，非紧急情况下严禁占用。任何非紧急情况下的占用都是对公共安全的威胁。
- 合理应对紧急情况：如遇紧急情况需使用应急车道，请务必按照相关规定操作，确保自身和他人的安全。同时，及时报警并采取必要的安全措施。
综上所述，摩托车在应急车道行驶将面临罚款和扣分的处罚，具体处罚力度根据违法情节的严重程度而定。因此，建议摩托车驾驶员严格遵守交通法规，尊重应急车道的特殊用途，确保道路通行安全。