公司以提交发票报销来发放部分工资的做法是不合法的。以下从几个角度详细分析：

1. 工资支付规定： 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司要求员工提交发票来报销部分工资，实际上是在变相地改变工资的支付方式，这违反了工资支付的直接性和货币性原则。

2. 税务合规性： 从税务角度来看，公司以发票报销的形式支付工资，可能涉及虚开发票或偷逃税款的问题。如果报销的发票并非真实发生的费用，或者报销的金额与实际费用不符，就可能构成虚开发票的行为，这将受到税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得，甚至可能涉及刑事责任。同时，这种做法也可能导致公司少缴或未缴应纳税款，从而违反税收法规。

3. 员工权益保护： 对于员工而言，以发票报销形式发放工资可能带来一系列问题。首先，员工需要承担寻找和提供发票的额外负担。其次，如果报销的发票存在问题，员工可能会面临税务风险，甚至可能被税务机关追缴税款和罚款。此外，这种做法还可能影响员工的社保缴纳基数和福利待遇，因为社保缴纳基数通常是根据员工的实际工资来确定的。

4. 法律后果： 如果公司坚持采用这种不合法的工资支付方式，一旦被发现，将可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，员工也有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼，要求公司支付拖欠的工资和相应的经济补偿。

建议：

• 对于公司而言，应当遵守相关法律法规，以合法、合规的方式支付员工工资，避免采用变相改变工资支付方式等不合规做法。
• 对于员工而言，如果公司要求以发票报销形式发放工资，应当谨慎对待，并了解相关法律法规和风险。如果认为公司的做法不合法或存在风险，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

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