关于锂电池组装加盟是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。
首先，从法律法规的角度来看，锂电池的组装和销售必须遵守国家相关的产品质量、安全标准和消费者权益保护法规。如果加盟商在组装锂电池时，没有遵循这些法规，比如使用不合格的电池元件、没有进行必要的安全检测、或者冒充品牌电池进行销售，那么这种行为就是违法的。
以您提供的两个案例为例：
在第一个案例中，邯郸市复兴区大坤电动车维修部因兼营用锂电池组装汽车启动应急电源业务，并从闲鱼网上购买锂电池进行组装后出售，被市场监督管理局认定为违法行为，并受到了相应的行政处罚。这主要是因为该维修部在组装和销售过程中，可能没有遵循相关的产品质量和安全标准，且无法保障组装锂电源的人身和财产安全。
在第二个案例中，商家自行组装电池并冒充品牌进行销售，被法院认定为构成欺诈，并判决“退一赔三”。这主要是因为商家在销售过程中隐瞒了电池的真实情况，诱使消费者作出了错误的购买决定，严重侵害了消费者的知情权和选择权。
基于以上分析，如果您考虑锂电池组装加盟，我建议您：
深入了解相关法律法规：确保您的组装和销售行为符合国家的产品质量、安全标准和消费者权益保护法规。
选择正规的加盟品牌和供应商：确保您获得的电池元件和组装技术是合法、合规且质量可靠的。
进行必要的安全检测和认证：在组装完成后，对锂电池进行必要的安全检测和认证，确保其符合相关的安全标准。
明确告知消费者产品信息：在销售过程中，向消费者明确告知电池的真实情况，包括其来源、质量、生产信息等，避免隐瞒关键信息或进行虚假宣传。
总之，锂电池组装加盟本身并不违法，但关键在于您如何操作和遵守相关法律法规。如果您能够确保合法、合规且质量可靠地进行组装和销售，那么这种加盟行为就是合法的。反之，如果您违反了相关法律法规或侵害了消费者的权益，那么就会面临法律风险和处罚。