针对您提出的“工程未竣工验收已投入使用怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、处罚依据

工程未竣工验收即投入使用，这一行为违反了《中华人民共和国建筑法》和《建设工程质量管理条例》的相关规定。具体来说，《中华人民共和国建筑法》第六十一条明确规定，建筑工程必须经验收合格后方可交付使用，未经验收或验收不合格的，不得交付使用。而《建设工程质量管理条例》第十六条和第五十八条也对此进行了详细规定，并明确了相应的处罚措施。

二、处罚内容

1. 责令改正： 对于未竣工验收擅自投入使用的行为，相关部门会首先责令建设单位立即停止违法行为，并组织相关单位进行竣工验收。这是确保工程质量、安全和使用者合法权益的首要措施。

2. 罚款： 根据违法行为的严重程度和涉案工程的规模，罚款金额将有所差异。一般情况下，罚款金额为工程合同价款的2%至4%。具体来说：

   • 对于轻微违法行为，如市政工程属于小型工程，或其他涉案工程面积20000平方米以下的，罚款比例为工程合同价款的2%以上2.5%以下。
   • 对于一般违法行为，如市政工程属于中型工程，或其他涉案工程面积在20000平方米以上50000平方米以下的，罚款比例为工程合同价款的2.5%以上3.5%以下。
   • 对于严重违法行为，如市政工程属于大型工程，或其他涉案工程面积50000平方米以上的，或造成严重危害后果的，罚款比例为工程合同价款的3.5%以上4%以下。

3. 民事赔偿： 若未竣工验收擅自投入使用的行为导致损失，如工程质量问题引发的安全事故、财产损失等，建设单位还需依法承担民事赔偿责任。

4. 刑事责任： 在极端情况下，如果未竣工验收擅自投入使用的行为构成犯罪，如重大安全事故罪等，建设单位还可能面临刑事责任的追究。

三、实际案例与警示

在实际执法中，已有多起因未竣工验收擅自交付使用而受到行政处罚的案例。例如，某房地产开发有限公司因未组织竣工验收擅自交付使用其开发的某项目，被处以罚款140900元的行政处罚；苏州永鸿置业有限公司也因同样原因被罚款11万余元。这些案例警示我们，必须严格遵守相关法律法规，确保建设工程经过竣工验收合格后再投入使用。

四、整改要求与后续措施

相关部门在发现未竣工验收擅自交付使用的行为后，除了进行处罚外，还会责令建设单位停止使用该工程，并组织相关单位进行竣工验收。验收合格后方可继续使用；若验收不合格，施工单位要按照整改意见进行整改，直至通过验收。这一措施旨在确保建设工程的质量和安全，保障使用者的合法权益。

综上所述，工程未竣工验收已投入使用是违反法律法规的行为，将受到严厉的行政处罚和经济赔偿。因此，我建议您或相关建设单位严格遵守相关法律法规，确保建设工程经过合法验收后再投入使用，以避免不必要的法律风险和经济损失。