不是同一个乡镇的村民发生土地纠纷，一般由土地所在地的县级人民政府土地管理部门（如自然资源局）或乡级人民政府负责处理，具体取决于纠纷的性质和复杂程度。以下是详细分析：

1. 一般处理原则：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对于跨乡镇的土地纠纷，通常由土地所在地的县级人民政府土地管理部门（如自然资源局）负责处理。这是因为县级土地管理部门具有更广泛的管辖权和更专业的处理能力，能够更有效地解决跨乡镇的土地纠纷。

2. 乡级人民政府的处理权限：

   • 在某些情况下，如果土地纠纷相对简单，且涉及的土地面积不大，乡级人民政府也可以根据实际情况进行调解或处理。这通常发生在纠纷双方对事实争议不大，且愿意接受乡级人民政府调解的情况下。

3. 处理流程：

   • 无论是县级土地管理部门还是乡级人民政府，在处理土地纠纷时，都会遵循一定的流程。这通常包括接受申请、调查取证、组织调解、作出处理决定等步骤。在处理过程中，相关部门会充分听取双方的意见和证据，确保处理结果的公正性和合理性。

4. 法律途径：

   • 如果当事人对人民政府的处理决定不服，还可以依法向人民法院提起诉讼。人民法院将依法对纠纷进行审理，并作出具有法律效力的判决。

建议：

• 在处理跨乡镇的土地纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商解决问题。如果协商不成，可以向土地所在地的县级土地管理部门或乡级人民政府申请处理。
• 在申请处理时，当事人应提供充分的证据和材料，以支持自己的主张。同时，也应积极配合相关部门的调查和调解工作，以便尽快解决纠纷。

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