结论：公司贷款起诉自然人是否会影响其配偶，需根据具体情况判断，主要取决于贷款性质、用途及是否属于夫妻共同债务。以下从不同角度详细分析：

1. 贷款性质与用途：是否属于夫妻共同债务

• 若贷款用于夫妻共同生活或共同经营（如家庭购房、子女教育、共同投资等），即使以一方名义贷款，也可能被认定为夫妻共同债务。此时，公司起诉自然人时，其配偶可能需承担连带还款责任，法院可能冻结或执行夫妻共同财产（如房产、存款等）。
• 若贷款明确用于个人消费或个人经营（如个人赌博、单独投资等），且配偶未签字或未事后追认，则通常属于个人债务。此时，公司起诉仅针对借款人本人，配偶的财产一般不受影响。

法律依据：
根据《中华人民共和国民法典》第1064条，夫妻共同债务需满足以下条件之一：

• 夫妻双方共同签名或事后追认；
  
• 债务用于家庭日常生活需要；
  
• 债权人能证明债务用于夫妻共同生活、共同生产经营。

2. 配偶是否签字或知情

• 若配偶在贷款合同中签字（如作为共同借款人或担保人），则直接成为债务人或担保人，公司起诉时配偶必然被牵连，需承担还款或担保责任。
• 若配偶未签字且不知情，但贷款实际用于夫妻共同生活（如家庭装修、医疗支出等），债权人仍可能通过举证要求配偶承担部分责任。

3. 财产性质：个人财产 vs 共同财产

• 若借款人个人财产不足偿还债务，法院可能执行其与配偶的共同财产（如夫妻名下房产、车辆等），但需先分割共同财产中属于配偶的部分（除非债务被认定为共同债务）。
• 若配偶能证明财产为个人所有（如婚前财产、遗嘱或赠与合同中明确只归一方所有），则该财产不受执行影响。

举例：

• 丈夫以个人名义贷款用于公司经营，但妻子未参与经营且未签字。若公司起诉丈夫，妻子个人名下的婚前房产不会被执行；但若夫妻共同房产中丈夫占50%份额，该份额可能被用于偿债。

4. 诉讼程序中的注意事项

• 配偶可申请“夫妻债务异议”：若配偶认为债务不属于共同债务，可在诉讼中提出异议，需提供证据证明贷款未用于共同生活（如银行流水显示资金流向个人账户、无家庭大额支出等）。
• 执行阶段可提出“执行异议”：若法院执行共同财产，配偶可主张分割财产或提出执行异议，要求保留其份额。

建议

1. 若您是借款人：
   
   • 明确贷款用途，避免与配偶财产混同；
     
   • 若需配偶共同承担债务，务必要求其签字确认。
2. 若您是配偶：
   
   • 保留贷款未用于共同生活的证据（如资金流向、家庭支出记录等）；
     
   • 关注诉讼进展，及时提出异议或申请财产保全。

如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析风险点及应对策略。