结论概述：若您与银行分行就闪电贷逾期达成了和解协议，但总行不承认该协议，您可以从和解协议的效力、与总行的沟通协商、法律途径解决等角度来处理这一问题。
一、和解协议的效力分析
和解协议的法律性质：和解协议是双方就争议事项达成的一致意见，具有合同性质。只要和解协议内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议即具有法律效力。
分行与总行的关系：分行作为总行的分支机构，其对外签订的协议，在总行授权范围内，对总行具有约束力。若和解协议是在分行授权范围内签订的，且总行未明确表示反对，那么该协议对总行同样具有法律效力。
二、与总行的沟通协商
提供和解协议证据：您应收集并整理与分行签订的和解协议、相关沟通记录、转账凭证等证据，以证明和解协议的真实性和合法性。
与总行沟通：您可以主动与总行联系，说明情况，并提供上述证据，要求总行承认并履行和解协议。在沟通过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取总行的理解和支持。
三、法律途径解决
起诉分行与总行：若总行仍拒绝承认和解协议，您可以考虑将分行和总行作为共同被告，向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明和解协议的存在、内容以及总行的相关责任。
申请强制执行：若法院判决支持您的诉求，要求总行履行和解协议，但总行仍拒不履行，您可以向法院申请强制执行。法院将依法对总行的财产进行查封、扣押、拍卖等措施，以保障您的合法权益。
四、其他建议
咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
保留相关证据：在整个处理过程中，您应妥善保留所有与和解协议、沟通协商、法律诉讼等相关的证据。这些证据将在后续处理中发挥重要作用。
关注法律动态：金融法律领域政策变化较快，您应关注相关法律动态和政策变化，以便及时调整自己的应对策略。
后续行动建议：我建议您先尝试与总行进行沟通协商，提供充分的证据以证明和解协议的真实性和合法性。若沟通无果，再考虑通过法律途径解决。在整个处理过程中，保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。