结论前置：夜班请假扣两天工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同和规章制度的角度

1. 劳动合同约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬、工作时间、休息休假等条款。如果劳动合同中明确规定了请假扣工资的具体方式和标准，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定执行是合法的。但若劳动合同中未明确约定夜班请假扣两天工资，则公司无权单方面作出此规定。

2. 公司规章制度：

   • 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示。如果公司规章制度中规定了夜班请假扣两天工资，但该规定未经民主程序制定、未公示或违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），则该规定是无效的，公司不能据此扣减员工工资。

二、从法律法规的角度

1. 最低工资标准：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的，用人单位应支付的工资不得低于当地的最低工资标准。如果夜班请假扣两天工资导致员工当月工资低于最低工资标准，则公司的做法是违法的。

2. 加班工资支付：

   • 如果夜班属于加班时间，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%（工作日）、200%（休息日）或300%（法定节假日）支付加班工资。如果公司以请假为由扣减加班工资，则公司的做法是违法的。

三、从实际操作和合理性的角度

1. 请假扣工资的合理性：

   • 即使劳动合同或公司规章制度中规定了请假扣工资，扣减的工资数额也应当合理。夜班请假扣两天工资，相当于扣减了员工两天的劳动报酬，这在一般情况下是不合理的，尤其是当员工请假是因为正当理由（如生病、家庭紧急事务等）时。

2. 公司管理的人性化：

   • 从公司管理的人性化角度出发，公司应当考虑员工的实际情况和合理需求，避免过度扣减员工工资导致员工不满和流失。合理的请假制度和工资扣减标准有助于维护良好的劳动关系和公司形象。

建议：如果你遇到了夜班请假扣两天工资的情况，首先应当查看自己的劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果没有相关规定或规定不合法、不合理，你可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规和合同约定支付工资。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

最后，如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。