当检查院（这里应理解为司法机关，通常指公安机关、检察院或法院，在取保候审流程中主要涉及的是决定机关和执行机关，而检察院常作为决定机关之一）取保候审期限届满后，处理流程主要遵循以下步骤：

首先，执行机关的通知义务：在取保候审即将到期的前十五日，执行机关（通常是公安机关）会书面通知决定机关（可能是检察院、法院等），告知取保候审即将到期的情况。

接着，决定机关的决定：决定机关在收到执行机关的通知后，会根据案件的具体情况，作出解除取保候审或者变更强制措施的决定。这个决定会在取保候审期限届满前书面通知执行机关。

然后，执行机关的执行：执行机关在收到决定机关的《解除取保候审决定书》或者变更强制措施的通知后，会立即执行这个决定，并将执行情况及时通知决定机关。

此外，保证金的退还：如果被取保候审人在取保候审期间没有违反刑事诉讼法的相关规定（如未经批准不得离开所居住的市、县，传讯时及时到案等），也没有故意重新犯罪，那么在解除取保候审、变更强制措施或者执行刑罚的同时，县级以上的执行机关会制作《退还保证金决定书》，通知银行如数退还保证金给被取保候审人，并书面通知决定机关。

最后，通知被取保候审人：执行机关还会及时向被取保候审人宣布退还保证金的决定，并书面通知其到银行领取退还的保证金。

概括起来，取保候审期限届满后的处理流程主要涉及执行机关的通知、决定机关的决定、执行机关的执行以及保证金的退还等步骤。希望这个解答能帮助您更好地理解取保候审期限届满后的处理流程。