您好，关于您提出的“相关部门要求农村林地养殖变更农业设施用地是否需要缴费”的问题，这主要涉及到土地使用和税收政策两个方面，以下是我为您提供的详细解答：

首先，从土地使用政策的角度来看，近年来国家对耕地保护政策日趋严格，特别是对农业设施用地的管理有了更为明确的规定。如果您的农村林地养殖需要变更为农业设施用地，那么需要关注的是这一变更是否符合当地的土地利用规划和农业设施用地政策。一般来说，如果变更用途符合政策要求，并且已经办理了相关的审批手续，那么通常不需要额外缴纳土地使用费用（但具体还需根据当地政策来确定）。然而，如果变更过程中涉及到占用永久基本农田或者需要落实耕地“进出平衡”等要求，那么可能需要按照相关规定进行补划或者缴纳一定的费用来平衡耕地资源。

其次，从税收政策的角度来看，农业设施用地是否需要缴费还取决于其是否属于房产税的征税范围。根据《中华人民共和国房产税暂行条例》及相关规定，房产税主要在城市、县城、建制镇和工矿区征收。对于农林牧渔业用地和农民居住用房屋及土地，通常是不征收房产税和土地使用税的。但是，如果您的农业设施用地符合“房产”的定义（即具有屋面和围护结构，能够遮风避雨，供人们在其中生产、工作等），并且位于房产税征税范围内，那么可能需要按照规定缴纳房产税。不过，在实际操作中，很多地方对于农业设施用地都有相应的税收优惠政策或者减免措施。

综合来看，农村林地养殖变更农业设施用地是否需要缴费，并不能一概而论。它取决于多个因素，包括当地的土地利用规划、农业设施用地政策、税收政策以及您的具体变更情况等。因此，我建议您在办理相关手续前，先咨询当地的自然资源部门（或农业农村部门）和税务部门，了解清楚具体的政策要求和操作流程。这样，您就可以更加准确地判断是否需要缴费，以及缴费的具体金额和方式了。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。