结论：村民持有土地使用权证与村委会发生纠纷时，最终可以归法院处理，但需先经过协商、调解或行政处理等前置程序。以下是对此问题的详细分析：
一、纠纷处理流程
协商解决：
- 村民与村委会之间应首先尝试通过协商解决纠纷。协商是解决纠纷的首选方式，因其能节省时间、精力，且有助于维持良好的关系。
- 双方应心平气和地坐下来，就土地使用权的争议问题进行沟通交流，尝试达成双方都能接受的解决方案。
申请调解：
- 若协商不成，村民可以向所在村的人民调解委员会或乡镇政府提出调解申请。
- 人民调解委员会由有威望、懂法律的人员组成，会依据法律法规和情理进行调解。
- 乡镇政府的调解具有权威性，其调解结果往往公正合理。
行政处理：
- 根据《土地管理法》的规定，若调解无法解决纠纷，个人与单位之间的争议（如村民与村委会之间的争议）可由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。
- 村民应向相关政府部门提出处理申请，政府部门会进行调查取证，并依法作出处理决定。
诉讼解决：
- 若村民对政府部门的处理决定不服，可在接到处理决定通知之日起三十日内向人民法院起诉。
- 法院将依据法律规定和事实情况进行审理，并作出判决。
二、法院受理范围
农村土地纠纷法院主要受理以下几类案件，其中与村民持有土地使用权证与村委会纠纷相关的包括：
土地权属纠纷：
- 涉及土地所有权或使用权的归属问题。如村民认为村委会占用了自己的土地，双方对土地权属存在争议，村民可以向法院提起确权之诉。
其他与土地相关的纠纷：
- 如宅基地使用权纠纷等。若村民与村委会在宅基地使用权上发生争议，且经过协商、调解和行政处理均无法解决，村民可以向法院提起诉讼。
三、起诉条件
根据《民事诉讼法》的相关规定，村民向法院提起诉讼需满足以下条件：
原告与本案有直接利害关系：
- 即原告必须是土地纠纷的直接相关方，如持有土地使用权证的村民。
有明确的被告：
- 原告需明确指出与其发生纠纷的对方当事人，如村委会。
有具体的诉讼请求和事实、理由：
- 原告需明确提出其诉讼请求，如确认土地使用权归属、要求村委会停止侵权等，并提供相应的事实依据和理由。
属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：
- 土地纠纷需属于法院受理的民事案件范围，且需向有管辖权的人民法院提起诉讼。
四、注意事项
证据收集：
- 在提起诉讼前，村民应尽可能收集与纠纷相关的证据材料，如土地使用权证、合同、政府处理决定等，以支持其诉讼请求。
诉讼时效：
- 村民需注意诉讼时效问题，避免超过法定时效期间而丧失胜诉权。一般来说，土地纠纷的诉讼时效为三年。
法律程序：
- 村民需了解并遵循法院的诉讼程序和要求，按时参加庭审、提交证据材料等。
总结与建议：村民持有土地使用权证与村委会发生纠纷时，应首先尝试通过协商、调解或行政处理等方式解决。若这些方式均无法解决问题，村民可以向法院提起诉讼。在整个过程中，村民应注重证据的收集和保存，并遵守相关法律法规和处理程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。