在摩托车考证期间，如果发生违法行为，处理方式主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》以及相关的交通管理规定。以下是对这一问题的详细解答：

首先，需要明确的是，在考证期间，如果尚未取得摩托车驾驶证，就驾驶摩托车上路，这属于无证驾驶行为。无证驾驶是严重的交通违法行为，不仅危及自身安全，也对他人的生命财产安全构成威胁。

对于无证驾驶的处罚，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，未取得机动车驾驶证、机动车驾驶证被吊销或者机动车驾驶证被暂扣期间驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款，可以并处十五日以下拘留。具体到摩托车，如果像案例中的邓某那样，在考证期间无证驾驶摩托车上路，一旦被交警查获，将会面临罚款和拘留的处罚。邓某就因无证驾驶被罚款500元并拘留3日。

此外，如果考证期间已经取得了部分科目的合格成绩，但因无证驾驶等违法行为被处罚，这并不会直接影响已经取得的科目成绩。然而，无证驾驶的记录会留在个人交通违法记录中，对未来申请驾驶证或进行其他交通相关事务可能产生不利影响。

更重要的是，无证驾驶期间如果发生交通事故，保险公司通常不会承担赔偿责任。这意味着，如果因无证驾驶导致事故，所有损失将由驾驶者自行承担，这可能包括车辆维修费用、医疗费用以及可能的法律赔偿等。

因此，我强烈建议，在摩托车考证期间，务必遵守交通法规，不要无证驾驶。如果需要练车，可以选择在封闭的场地或者有合法驾驶资格的人陪同下进行。同时，也要关注自己的交通违法记录，及时处理任何违法行为，以免对未来申请驾驶证或进行其他交通相关事务造成不利影响。

总之，摩托车考证期间违法处理的关键是遵守交通法规，避免无证驾驶等违法行为的发生。如果发生违法行为，应积极配合交警部门的处理，并承担相应的法律责任。